航海実習編、快調！ 次はマグロだ！黒潮がもたらす未来型エネルギーを肌で感じたり、陸では絶対に体感できない経験に生徒らの胸は高鳴る。さらに、吉井船長から「無寄港」の命が下り…船は日本の海域を離れひたすら南下。生徒らには動揺が走るも、なんと広い太平洋ではえ縄漁を行うことに！狙うはマグロ！ 投縄の総距離50キロ、ほぼ一日がかりの作業に気力も体力も奪われる中、珠玉の体験の数々が湊らを待ち受ける！
東京育ちの海老原湊（えびはらみなと）は、父の十七回忌で訪れた長崎で、釣り好き少女に一目惚れし、彼女を追って長崎大学・水産学部に入学する。しかし、なんと、彼女が進学したのは水産学部は水産学部でも、「東京の」大学の水産学部。愛しの彼女はいないけど、毎朝の厳しい訓練は待っている…！一体、何を希望にキャンパスライフを送れというのか！？前途洋々とはいいがたい…海を学び場にする水産学部一年生の、夢と希望の大学生活は、荒波の中、いま出航！！！！
東京育ちの海老原湊（えびはらみなと）は、一目惚れした少女のために、縁もゆかりもない長崎大学に進学するが、なんと彼女は別の大学に進学していた…！絶望にくれる湊だったが、そんな湊を、地元からの進学組・潜木洋介（くぐるぎようすけ）は、「志のないボンボン」と、軽蔑を隠さない。しかし、湊も湊で、前時代的な早朝訓練や連帯責任制に不満を覚えつつ、先輩から、その訓練の意味を聞いて、深く納得をして以降は、この学校で何かを得たいと思うように。そんなこんなで、ファーストコンタクト最悪のふたりが、なんと同じ部に…！？でも、言いたいことも言えない潜木に、言いたいことははっきり言う湊が…ポイズン、どころか、いいクスリで！？反発し合いながら、呼び合う2人。海が引き寄せた2人の海図は、いったいどこまで描かれるのか！？
好きな子を追いかけて、長崎大学水産学部に入った東京育ちの海老原湊は、泳ぐことさえままならない超都会っ子。しかし、海を学び、海を楽しむ、学部の先輩達にふれ、自らも「海にきちんと向き合おう」と、決意。そんな中、外洋帆船部（大型ヨット）の見学に、クラスメートの潜木洋介と行くことになるが、彼が、高校時代小型ヨットで名を馳せた選手だと知るや、「なんで辞めたの？」と空気を読まずに、ぐいぐい。「大丈夫！ みんなには黙っとくから、僕にだけは教えてくれよ」「なんでお前だけが特別かとや！！」湊は、潜木の止まった帆を押す、強い風になれるのか…
進級には、10キロ完泳がマスト！？一目惚れした少女を追って長崎大学に入るも、彼女は東京の大学に入学しており、恋心むなしくすれ違ってしまった海老原湊。気を取り直して、水産学部の授業に前向きになってきた頃、期末の「海洋訓練」で10キロ泳げなかったら進級できない、と聞かされ、大ピンチ…！！！
大学一年生の夏がやってきた！！！進級がかかった海洋訓練も、命からがらやり通し、ついにやってきた夏休み。「ああ、もう早起きしなくていいんだ…」と、思ったのもつかの間、教授のススメで、長崎大学水産学部OBの養殖業者さんのところにアルバイトへいくことに！人生初のアルバイトは、海辺で、泊まり込み。わくわくの夏休み編、到来です！
長崎の祭りに参加！長崎の味に挑戦！！一目惚れした女の子の進学先と勘違いして入った長崎大学水産学部だけど、夏じゅう養殖のバイトをして、水産の面白さにハマってきた湊。大学OBのツテで長崎の精霊流しにも参加したし、今度はなんと文化祭でも大暴れ…！？大学生活フルエンジョイの秋、はじまる！
水産学部の本気…鴻洋祭開幕！！長崎大学水産学部の学部祭は、なんと“味の見本市”だった！？日頃の研究の成果を存分に披露するべく、数多のゼミが、知識と設備をフルに使って出店でガチンコバトル！！そんな中、1年生にもかかわらず湊を誘って、自称・グルメ王の川口が殴り込み…！？どうなる、メニュー開発！？
学部祭グルメバトル、完結！！自称、神の舌を持つ男・川口とタッグを組み、長崎大学水産学部の学部祭の出店バトルに1年生ながら参加した、海老原湊！魚介類の旨さを引き出すことを日夜研究している、ゼミ生の先輩連の実力に驚嘆しながらも、持ち前の探究心と行動力で、最高の【鯛めん】を作り上げたふたりだったが…不慣れな初出店、出足が遅れて、売り上げにかげりが…！？どうなる、出店バトル！？さらに、この多忙極まる文化祭期間、湊は平行して「小型船舶免許2級」の試験勉強もしていたのだが…そちらの結果も見逃せない…！！！グルメの秋、勉強の秋、クライマックスな秋、深まる！！！！！
五島ヨットレース編、始動！外洋帆船部に所属する湊の相棒は、高校時代、小型ヨットで全国に名を馳せた男・潜木洋介。漁師の家の子だけあって、その風を読む力は天才的……！！そんな潜木の元相棒・真砂が、いま再び、現れる。あの日から止まった船を動かすがごとく…！！波瀾の五島ヨットレース編、はじまる――
ついに2年生に…学問としての海へダイブ！一目惚れをした女の子を追いかけて…という不純な動機で入学した割に、 長崎大学水産学部で、海にどっぷりハマっていった海老原湊。 きっかけになった彼女と久々に再会し、彼女のために一肌脱ぐことになるが… ついにサクラサク！？ そして進級し2年生になり、海を学ぶ湊に、心揺さぶる出逢いが訪れる…！！
