進級には、10キロ完泳がマスト！？一目惚れした少女を追って長崎大学に入るも、彼女は東京の大学に入学しており、恋心むなしくすれ違ってしまった海老原湊。気を取り直して、水産学部の授業に前向きになってきた頃、期末の「海洋訓練」で10キロ泳げなかったら進級できない、と聞かされ、大ピンチ…！！！
洋上風力発電の最先端…五島へ！！先日ヨットレースで訪れた、五島。そこは、今注目を集める再生可能エネルギーの一端である、「洋上風力発電」の、研究の最前線だった！！長崎大学水産学部の打ち立てた【洋上クラスター構想】について実際の目で現状を把握するべく、洋上風車の環境アセスメントについて、研究を重ねている川辺教授に付き従い、湊と潜木は、再び、五島へ…！そこで待ち受けていたのは、堂々たる偉容を誇る、洋上風車【はえんかぜ】と、風車を立てた男達の熱い生き様…！！水産業の輝ける明日を追い求める2人に、洋上から、強く風がふく…！！！
長崎の街を越えて…遥か遠くへ船は往く。新2年生になって、また、熱い夏がやってくる…海洋浪漫キャンパスデイズ！！洋上風力発電が、次世代の漁業を発展させる鍵になるかもしれない…！長崎県五島市で、洋上風車を見学した潜木と岩手県釜石市で、陸上風車を見学した湊は互いの見たものを伝え合い、明日の漁業へ夢を馳せる。しかし、その矢先、海風薫るGWに思いがけない事件が起こってしまう――――急展開の第12巻……！！
タイトルの意味が明らかに！亡き潜木と向きあう為、再び海に戻った湊。外洋帆船部の同期らと選んだ行き先は対馬・厳原。途中待ち受けるのは難しいと言われる対馬海流。潜木に頼ってばかりだった同期3人の力だけでここを越えたい…！だが時化も重なり、船の制御は困難を極め…！！荒れ、うねり、騒ぐ海を前に、湊たちはある一枚の絵画の話を思い出す。それは立ち寄った野崎島の島守・リチャード氏から聞いた船乗りなら誰しもが奮い立つ希望の物語－－－タイトル『第九の波濤』の意味を知る、記念すべき今巻。雑誌掲載時に大反響、湊と平瀬奈津の禁断の愛がたまらない、稲佐山の横恋慕事変も収録！
三角関係の始まり…？ 長大祭で恋事変！？再び前を向き始めた湊は長大祭の準備に、ワムシの研究手伝いに奔走。忙しいのは明らかなのに、文化祭準備に追われた奈津子を家まで送り届けてくれる気配りも相変わらず。そんな湊に、奈津子の想いは次第に高まっていき、気付いたら、朝、湊は奈津子の部屋にいて………一方、湊の想い人・凪子はワムシを求め長大へ。奇しくも長大祭初日、3人が交錯する…！！湊の両親の運命の出会い編も必見、恋模様が特盛りの第14巻！！
濃厚な3年時に突入！3年生に進級した湊たち。新入生を迎えるにあたり委員長に任命された湊は亡き友のことを、静かに、熱く語り始める…… その潜木の一周忌が春の終わりに。潜木の高校時代の親友・真砂と始めて腹を割って話してみると、ある変化が……そして夏、長崎丸での二週間に渡る航海実習が始まろうとしていた… 期待と不安を織り交ぜながら、海に思いを馳せろ！濃厚すぎる水産生ライフが楽しい、第15巻！！
航海実習、貴重な講義の数々！3年時の一大イベント航海実習。湊たちは第3航目の実習に参加。前の2航とは違って、堅物の吉井船長が指揮を執る影響か、ピリッとした空気。早速、体調を崩す者も現れ、先が思いやられる。だが、船の上で用意された実習はどれもが刺激的。初めて触る航海器機、海の絶景も拝めるワッチ、珍しい魚と出会えるトロール操業に魚類分類学。そして、日本のエネルギー問題に関する講義まで。知識欲を刺激され、学びに歓喜する、第16巻！！
航海実習編、快調！ 次はマグロだ！黒潮がもたらす未来型エネルギーを肌で感じたり、陸では絶対に体感できない経験に生徒らの胸は高鳴る。さらに、吉井船長から「無寄港」の命が下り…船は日本の海域を離れひたすら南下。生徒らには動揺が走るも、なんと広い太平洋ではえ縄漁を行うことに！狙うはマグロ！ 投縄の総距離50キロ、ほぼ一日がかりの作業に気力も体力も奪われる中、珠玉の体験の数々が湊らを待ち受ける！
航海実習マグロはえ縄、嵐の中で！！実習船は太平洋を赤道付近まで南下。はえ縄漁でマグロを狙っている。ついに群れと遭遇。“シャチ回し”まで始まり大漁の報せか――！？ 時を同じく、熱帯低気圧の影響で海は大時化に。しかも夜！！甲板に波が叩きつけられる過酷な環境の中学生達が取った選択は――？海の上は何故こうも人を成長させるのか。胸が熱くなる嵐の操業に刮目せよ！湊の父親の回想話からも目が離せない！
3年秋、研究室選びがスタート！航海実習が終わり船は長崎にへと帰港。生徒と教員の間に確かに培われた絆―――生徒らは出港前より、確実に逞しくなっていた。 湊は4年次のゼミをどこにするかで迷っていた。秋も深まる中、思いも寄らぬ報せが…凪子が4年の春から長大でお世話になる！？同じキャンパスを歩くことを夢見て始まった湊の長大ライフ。なんと凪子が帰ってくる！！だが、彼女の進む研究室は曰く付きで！？二人の青春模様から益々目が離せない！！
大学生活四度目の春！潜木と見た水産の未来を明るくする夢。それに近づけると湊は、凪子と同じ漁撈研に所属することに。同じ学び舎で過ごす日々―――入学前に描いていたキャンパスライフがやっと送れるかと思いきや、先輩についていくので大忙し。湊は鮑の陸上養殖のサポートで島原へ、凪子は佐世保の水族館へ。交差する青春が歯がゆくも美しい最新20巻！！
