「俺らがぶっ倒す相手だ」なぜか紅泉高校に入学し「蒼帝以外では剣道をしない」という蒼帝学園前主将 清瀬の弟、万里。彼を部員にできないまま紅泉高校は東京都支部予選会を迎え、一年ぶりに蒼帝と試合でぶつかることに。蒼帝をぶっ倒すという了一の言葉を信じ切れず、自分の目で確かめようと現れたのは変装した万里で…？二年地区予選編、開幕！！
地区予選二回戦、銀栄高校との対戦は1人負け／2人引き分けという、これ以上勝ち星は落とせない状況で副将戦に突入した。静かな試合展開が続く中、紅泉の副将・狭間が引き技を仕掛けようとしたその瞬間、相手の選手も動き出す。引き面で顎が上がったところを狙って、喉に直接突きを入れようとしてきたのだ。剣道を「殺し合い」と捉える銀栄の副将・我孫子のこの行動に、狭間は――
都大会出場をかけた三回戦。紅泉高校の対戦相手は、強豪・蒼帝学園！加えて紅泉は一人不戦敗という、圧倒的に不利な状況でのスタートが確定していた。先鋒・次鋒が負けたらその時点でチームが負けるという事実を聞いた先鋒・住吉は、あまりのプレッシャーにトイレに駆け込み閉じこもってしまう。幼なじみである高尾が説得しに行くも、なかなか出てこない住吉に対して、高尾が取った行動とは――！？
都大会出場をかけた三回戦。副将が棄権というハンデもあり、強豪・蒼帝学園を相手に、紅泉は苦戦を強いられていた。中堅戦の対戦相手・正丸夏生（しょうまる なつき）の剣を捉えようと必死に集中する了一だったが、彼の心は乱されていた。正丸の剣は、了一の師・小宮の剣を髣髴とさせるものだったのだ。この剣に、了一はどう挑む――！？
地区予選が終わり、その足で小宮のいる道場に向かった了一。同じ考えで道場に赴いたのは、蒼帝高校の正丸だった。気まずい沈黙の中、道着に着替える了一と正丸だったが、正丸が先に話を切り出す。その内容は、「守破離」について。師である小宮の剣をひたすら「守」ってきた正丸にとって、了一の剣はどのようなものになったのか——。
夏の玉竜旗に向け、国領の師範のもとで修業を積む了一。呼吸すら悟らせない「無の打突」の習得を試みるが、彼にこびりついた殺気は根強く、打突の気配を殺すことに苦戦していた。その様子を見かねた国領が了一に問いかける。 『人殺したことあんの？』 了一が超えてきた「一線」とはーー！？彼の秘められた過去が、徐々に明かされる。
了一と小宮が交わした稽古の約束は果たされず、待ち合わせ時間になっても現れなかった小宮がいたのは、病院だったーー。警察官としての責務を全うし、公務中の事故に巻き込まれてしまった小宮。言葉を失う了一に対して、小宮は語りかける。「ここが了一くんの”離”だーー。」剣道に出会わせてくれた師からの”別れの言葉”に、了一の感情は大きく揺れーー！？
『これが玉竜旗だ』玉竜旗四回戦、雷天高校の先鋒桜川に対するのは次鋒高尾。初太刀から間合いを詰めていく高尾に懸念を抱く市ヶ谷だが、高尾が恐れず踏み込めるのは市ヶ谷のおかげだった。予想外の事実に驚く市ヶ谷に笹塚が語った仲間の負けの意味とは。 そして高尾の前代未聞の剣道が会場を沸かせていく――！？ 紅泉高校vs雷天高校、総力戦！！
『しがみついてそれなら、さっさとやめた方がええよ』玉竜旗四回戦、狭間の対戦相手は雷天高校大将の天満。狭間の剣道愛が合理性に欠けると不快感を抱く天満は、狭間のデータ剣道に対し効率重視の引き技で応戦していく。しかし突如試合中に天満の胴紐が切れてしまい――修繕の申し出をしたのはなんと狭間で！？対照的な二人の試合の行く末とは――！？
玉竜旗五回戦。なでしこ国際高校の先鋒、国領翼を相手に紅泉の残る選手は大将の了一のみ！？紅泉の選手が次々と敗れた“懸待一致”の翼の剣道に同じく翻弄されつつも、了一は持ち前の型にはまらない自由な剣道で臨機応変に対応する。そんな一進一退の試合の中、了一と翼がそれぞれ思いだす“国領はじめ”との記憶。その記憶をきっかけに、膠着状態だった試合は思わぬ結末へ――！？
「止まったら死んじまいそうだ」了一が五連勝しなければ敗退が決まる、絶体絶命な状況の玉竜旗五回戦。なんとか二連勝し迎えた、なでしこ国際高校の中堅・鵠沼との試合。勢いに乗る了一だが、その流れは鵠沼の放つ"殺しかねない一撃"によって断ち切られる！？満身創痍で意識が遠のく了一だったが、その刹那、過去の記憶がリフレインし――。手に汗握る超絶連戦の結末はいかに――！？
