右投げアンダースローに転向して最初の試合、明日夏は豊実打線に連打を浴びる。血のにじむような努力を重ねたピッチングが何一つ通用せず、「もう終わった存在」であると悟った明日夏は激しくショックを受けてしまう。圧倒的な差を埋めるべく必死に投げ込むが、監督上野はケガを懸念し過度の投げ込みを注意。投げたいのに投げさせてくれない、そんなもどかしさに葛藤する明日夏に相棒のキャッチャー八生が声をかける―
「父さんとおんなじユニフォームでふたりともこうしえんにつれていく！」幼少期に父と亡き母に誓った主人公。やがて日本一のエースへと成長し、父と同じ強豪校に行けるはずだった…しかし突如訪れる肘の痛み。「俺はマウンドに戻れるのか…？」手負いのエースが再起を誓い、甲子園を目指す、本格野球漫画第1巻 ！
「YOUは右サブマリン投手になるべきなのよ」怪しげなアイドルプロデューサーと元メジャーリーガーに勧誘された、手負いの全国優勝左腕、左京明日夏。全治2年の左肘の完治を待つと言ってくれた憧れの名門校と、逆投げ転向という新たな可能性を提示してくれた新設校。憧れと挑戦、甲子園のマウンドに立つという夢を叶えるために、明日夏が下す選択は―
入学初日、突如発表された1年生VS．2・3年生の新入生歓迎試合。明日夏の何気ない一言を引き金に、ヤンキー気質の同級生、鷹信と取っ組み合いのケンカになる。なぜこれほどまでに鷹信は明日夏に突っかかるのか？また明日夏のサブマリンは現在どこまで成長しているのか？謹慎明けの一打席勝負を通して明かされていく―
新チーム初の練習試合の相手は、かつて明日夏が入学する予定であった、この春センバツ出場校の豊実。その実力差は歴然で、豊実の一年生エースに手も足も出ない状況。青嵐の先発、赤塚も磨き上げてきた変化球を武器に強力打線に挑むが打ち込まれてしまう。マウンドで愕然とする赤塚の耳に入った「ピッチャー交代」の声。代わりにマウンドに上がるのは「スイッチバッテリー」の相棒である氷川か、それとも―
圧倒的な大敗に終わった、豊実との練習試合。手も足も出ないほどに打ち込まれた明日夏は全く通用しない事実を突きつけられ、失意のどん底にいた。そんな明日夏に手を差し伸べたのはバッテリーを組む、相棒の八生だった。課題であるストレートを極めるため二人三脚で投げ込む明日夏たちだが、監督上野からは球数の制限を注意されており、納得がいくほど投げることが出来ない。そんな二人がとった、驚愕の行動とは…！？
「メジャー仕込みの新たな高校野球を作る」「このチームで甲子園に行ける」と語る上野が、選手にそれらを証明すべく組まれた練習試合。その相手は東東京ベスト4常連の強豪、御山学園。今後を左右する大事な一戦で上野は、無断でチーム練習を離れた明日夏と八生をスタメンに大抜擢。強力打線を相手に奮闘する明日夏たちだが、一方バッテリーを降ろされた3年生の赤塚と氷川の心境は?
東東京ベスト4常連の御山学園との練習試合は、1点差で追う9回ウラに。絶対に負けられない青嵐の攻撃は、1番の明日夏から始まる好打順。逆転サヨナラへの道筋には明日夏の出塁が不可欠、その結果やいかに…！？また試合後のミーティングでは監督上野より合宿の実施が突然告げられる。その行先は、まさかの…アメリカ！？
アメリカ合宿編、本格始動！ アメリカに到着早々トラブルだらけの明日夏は、ひょんなことからプロのバッテリーと真剣勝負をすることに…！ 負けたら帰国。しかも相手投手はサブマリン。絶対に負けられないこの勝負、 明日夏は本場アメリカのベースボールを思い知ることになる――。青嵐学園、さっそく帰国の危機！？ 注目の対戦を目撃せよ！
“サブマリンの本質を教えよう――”元メジャーリーガー・上野監督は、チーム随一のスラッガーである鷹信との勝負を提案。「お前たちくらいのバッターは全員、まっすぐだけで打ち取れるよ」とまで言い放つ。第一線を離れた上野だが、現役の強打者を相手に本当に打ち取ることができるのか…！？そして、明日夏の新たな課題とは！？ 青嵐学院進化の前兆、アメリカ合宿編ますますヒートアップ！
