セキエイ高原ポケモンリーグ開会イベント『ジムリーダー対抗戦』がスタート！！だが試合が進むにつれ、場内は不穏な空気に包まれていく・・・。ゴールドとクリスは『敵』の存在を探るべく動き出すが・・・！！急転直下の激闘編、最後の戦いが始まる！！
ポケモンリーグのトーナメントの頂点へ駆け上がると同時にライトストーンもレシラムへ！ 伝説のポケモンを含む最強の布陣を手にしたブラックは「プラズマ団の王」Nとの決戦に挑む！ 大幅描き足しを加え、誰も見たことのないラストがキミに迫る！！
プラズマ団によるポケモンリーグ襲撃から2年――。再び動きだした悪に対抗すべく立ち上がったのは国際警察の少年捜査官ラクツ！ “ミスターパーフェクト”ラクツと元プラズマ団員の少女ファイツ、予想もつかない恋とバトル！！ B2W2編、始動！！！
出現、天翔ける旗艦！プラズマフリゲート！巨大旗艦と共に姿を現した七賢人ゲーチス。凍れる竜キュレムを手にしたプラズマ団は、その力を用いてイッシュ凍り漬けを開始！一方、次々と明らかになる隠されていた人間関係！その時ラクツは…。B2W2編、待望の2冊目！
雄叫びをあげるあの男が夢世界から帰還！Ｎが敗れ、ブラックキュレムの力をも手にした新生プラズマ団。イッシュ地方が危機に陥る中、「真実の英雄」ブラックがついに帰還！ ラクツたちと合流し反撃の狼煙を上げる！
メガシンカを巡るカロスでの冒険が始まる！イッシュ地方でのプラズマ団との激闘、ここに完結！ そして舞台はカロス地方へ――。 メガシンカの謎に迫るべく、エックスたち幼馴染み５人が故郷を旅立つ!!
ミアレシティへ！メガシンカの謎に迫れ！狙われるエックスのリング！ そして「メガシンカ」とは？ 真相に迫るため、エックス達はカロス地方のポケモン研究の権威、プラターヌ博士のいるミアレシティを目指す！
第3勢力登場？漆黒の弾丸、名はエスプリ！徐々に明らかになるメガシンカの謎。エックス一行も新しい手持ちを加え、激化するバトルに挑む！ 一方メガシンカ一族の拠点マスタータワーには黒いスーツの襲撃者が現れた！！
四天王にしてフレア団幹部！ パキラ現る！ショウヨウシティ近郊での事故によりエックス一行とはぐれたワイ。はぐれた先で目撃したのはフレア団員に指図する女幹部の姿だった！ “炎の女”がエックスたちに牙をむく！
衝撃の敗北！ 立ち上がれ、エックス！攻勢に出るフレア団！ 伝説のポケモン・ゼルネアスが姿を変えた「大樹」も、ジムリーダー・コルニのキーストーンも、フレア団の手に落ちてしまう！ 追い込まれたエックスたちは敵本拠地へ乗り込むことに…！！
新展開！ちつじょポケモン・ジガルデ現る！フレア団本拠地での決戦を経て一同は新たな冒険へ！ 先輩図鑑所有者もカロスへ駆けつける中、第3の伝説のポケモン“Z”をめぐるバトルが始まった。未知なる領域がエックスたちの前に、今、広がる！！
