敵アジトでようやく再会を果たしたダイヤたち。だが喜びもつかの間、アカギは完成した赤い鎖を持ってやりの柱へ。呼び出されたのは伝説のポケモンディアルガとパルキア。時間と空間がゆがむ恐怖がシンオウをつつむ！
どうなるカロス！？命がけのラストバトル！フレア団ボス・フラダリが潜伏する「ポケモンの村」でカロスの未来を掛けた超バトルが始まった！ メガシンカVSメガシンカ！ さらに伝説のポケモンを繰り出すフラダリに対し、エックスの一撃が爆発する！！
カロス完結！ そして舞台はホウエンへ！完全描き下ろしのカロス地方の後日譚を掲載！ そして物語は第十三章「Ωルビー・αサファイア」編」へ！ ホウエン地方で巻き起こる「この星の危機」にルビー、サファイア、エメラルドたちが立ち向かう！
迫る巨大隕石！この星の危機を回避せよ！巨大隕石衝突まで…あと8日！ この星が消滅する危機が刻一刻と近づく中、襲撃者ヒガナに加え、マグマ団・アクア団も活動を再開！ レックウザを探すルビーにも新たな困難が！？ 様々な思惑が交錯し混乱は加速する…！
竜神降臨！星を守るのは伝承か？科学か？巨大隕石衝突まで…あと4日！ ゲンシカイキしたグラードン、カイオーガの力によって隕石に対抗しようとするマツブサ、アオギリの策に対し、ルビーは“竜神様”レックウザの捜索へ！ 迫るタイムリミット！ 最後の決断は…！？
