四天王にしてフレア団幹部！ パキラ現る！ショウヨウシティ近郊での事故によりエックス一行とはぐれたワイ。はぐれた先で目撃したのはフレア団員に指図する女幹部の姿だった！ “炎の女”がエックスたちに牙をむく！
どうなるカロス！？命がけのラストバトル！フレア団ボス・フラダリが潜伏する「ポケモンの村」でカロスの未来を掛けた超バトルが始まった！ メガシンカVSメガシンカ！ さらに伝説のポケモンを繰り出すフラダリに対し、エックスの一撃が爆発する！！
カロス完結！ そして舞台はホウエンへ！完全描き下ろしのカロス地方の後日譚を掲載！ そして物語は第十三章「Ωルビー・αサファイア」編」へ！ ホウエン地方で巻き起こる「この星の危機」にルビー、サファイア、エメラルドたちが立ち向かう！
迫る巨大隕石！この星の危機を回避せよ！巨大隕石衝突まで…あと8日！ この星が消滅する危機が刻一刻と近づく中、襲撃者ヒガナに加え、マグマ団・アクア団も活動を再開！ レックウザを探すルビーにも新たな困難が！？ 様々な思惑が交錯し混乱は加速する…！
竜神降臨！星を守るのは伝承か？科学か？巨大隕石衝突まで…あと4日！ ゲンシカイキしたグラードン、カイオーガの力によって隕石に対抗しようとするマツブサ、アオギリの策に対し、ルビーは“竜神様”レックウザの捜索へ！ 迫るタイムリミット！ 最後の決断は…！？
