救世主の、神話が始まる。闘争心を忘れた人類を粛清すべく、遂にゴアが動き出した。イタリアを飛びたち、大地と人命を焼きながら向かう先は日本。このままでは日本を戦場とした人類の全破壊兵器とゴアの総力戦が始まってしまう…。善たちは対ゴアの準備を進めつつもゴアを倒せるという確信は持てず、意識不明のままのドミノが目覚めるのを頼りに不安と恐怖に怯える日々を過ごしていた。その時、ゴアを神と崇める第四の真祖・エデンが現れ、「国防最終兵器レギオンと引き替えに日本だけはゴアから守る」と志月防衛事務次官に提案し、世界が滅びようとも日本だけは守りたい志月はこれを受け入れる。一方、人々を扇動するエデンの企みを止めるべく動き出す善だったが…!?混沌と救済の第18巻!!
女王の復活を賭けた死闘!善は、京児たちドミノ陣営と共闘し遂にエデンを追い詰める。ドミノの復活まであと一歩、エデンに勝利したかに思えたその時、シスカを人質にとった志月が現れる。結果として善が、ドミノの復活を諦めるか、シスカを守るかの二択を迫られる状況に・・・仲間とドミノのために死闘を繰り広げてきた善は、何を選択するのか?死闘と進化の第21巻!
対エデン戦、遂に決着!エデンの猛攻とシスカを人質にとった志月の策に倒れた善は、記憶の世界でドミノとエデンの過去を見る。そこでドミノの歴史と彼女の信念の強さに触れた善は、自らの心臓をドミノに託して復活させることを選ぶ。結果としてドミノの復活は成功するが、善自身はゴアと等しい存在となってしまうのだった・・・覚醒と衝突の第22巻!
最終章、開幕。ドミノは、ゴアの心臓が富士火口直下40kmの地底にあると突き止め、京児ら仲間とともにゴアとの最後の闘いへ赴く。海を越え、炎の底を越えた先にたどり着いたのは、ゴアが築いた“たった一人の”王国だった。はたしてドミノたちはゴアを倒し、人類を救えるのか。覚悟と不撓の第23巻。
地に伏すは王か、女王か。人類の希望を背負ったドミノはゴアとの死闘を繰り広げるが、その圧倒的な戦力の前に地面に膝をつきかけていた。万策は尽き絶望的な戦況に陥ったが、京児はゴアの中に眠る善と人類の勝利を諦めておらず、ドミノを奮い立たせる。再びドミノが立ち上がったその時、レギオンが再び現れる。奮起と哀別の第24巻。
血と灰の物語、遂に完結。京児は、自らの命と引き換えにゴアに重傷を負わせることに成功し、戦いのバトンをドミノと善に託す。どれだけ叩きのめしても諦めないドミノと仲間達の猛攻に、しだいにゴアは「死」というものをはじめて意識する。そして、ドミノは限界を超えた「Re・ベイキング」で最後の戦いに挑むのだった。女王の描く理想と、世界の未来はーーー?