歴史を越えた熱きデュエマが始まる！突然現れた謎の男、ジェンドルにより鬼札アバクが強襲された。瀕死のアバクから切札ジョーに託されたのは、超獣歴程。書に書かれた通りにカードを集めて、ジェンドルの陰謀を阻止しなければ！！伝説のクリーチャー達の力を手に入れるため、デュエマの歴史を越えるジョー達！！まず訪れたのは、バトルアリーナ！！出会ったのは、伝説のデュエリスト白凰！！時代を超えたデュエル・マスターズが、ココに始まる！！
新相棒・モモキングとジョーの戦い開始！自由にクリーチャーを描く切札ジョーは、相棒のデッキーと共にカードを生み出して戦う主人公！デュエマのカードクリーチャー達の住む世界「クリーチャーワールド」のピンチを救ったジョー。5年生になったジョーは地球の英雄やヒーロー達の力を混ぜ合わせてカードを生み出す力を手に入れる。そんなジョーの前に、流行中のデュエマアプリ内の最強少年アバクという少年が現れる。彼が使うのは見たこともないような鬼のクリーチャー。鬼軍団にジョーは大苦戦。鬼を退治するために産みだした新たな切札は・・・桃太郎ドラゴンのモモキング！！ジョーとモモキングの戦いが、始まる！！
ジョーに襲いかかる！ギガンディダノス！デュエマの世界ナンバー1を決める戦い、キング・オブ・デュエマッチ！！世界各国からデュエマに自信のある参加者が続々と集まる中、町中で魂ポイントを争うバトルが繰り広げられていた。そんな中、怪しい影。。自然文明の大長老がジョーに戦いを挑んできた！！大長老の使うギガンディダノスのパワーはなんと50000！！史上最強クラスのパワーレベルのクリーチャーを操る大長老に、ジョーは勝つことが出来るのか・・・！？さらにジョーの仲間達も続々と参戦・・！！ボルツのキングマスター爆龍王ダイナボルトを使い、新たに登場したライバルに挑む！！
ジョーよ！！とらわれた友達を救え！デュエマのナンバー1を決める大会「キング・オブ・デュエマッチ」。この大会を仕掛けてきた鬼札アバクには裏の顔があった！手下であるチョウキに敗北したボルツや、アバクに敗れてしまったキャップはそのままアバクに捕らえられてしまう。そんな中、大会は2回戦へと進むことに。街に出現したタワーに集められた出場者たちに、アバクの槍が怪しく問いかける。。。ジョーは相棒のモモキングと共にタワーへの突入を試みる！ジョーは捕らわれた友達を救い出せるか！？
十王篇決着！ジョーVSアバクの最終対決！タワー内に乗り込んだジョー達だったが、そこは参加者を鬼化する鬼札アバクの策略による世界だった！！鬼化されたキラ、ボルツ、キャップを救い出したジョーはこの陰謀を止めることが出来ると信じ、タワーの頂上を目指す。しかし、一方でアバクは最強の鬼札エンド・ジャオウガを誕生させ、町の人間すら鬼にしてしまおうと迫る！！ジョーVSアバクの最終決戦が、今幕を開ける！！
王来編、vsジェンドル最高潮！デュエマ20年の歴史、その全てを詰め込んだ面白さの「王来編」キングシリーズ！デュエマの歴史をゆがめ、全てを手にしようとするジェンドルに対し、ジョーは正面から立ち向かう！だがジェンドルは、歴代最強クリーチャーを誕生させてしまう…！？時空を超えて勝舞・勝太・さらにザキラも登場！いよいよ目の離せない展開に！最終決戦をその目で見よ！付録カードは「ドンドン吸い込むなう」のモモキングJO限定イラストver．！！
ジェンドル編決着＆ついに最終章開幕！デュエマ20年の歴史を全て詰め込んだvsジェンドル編がついに決着へ！はたしてジョーはクリーチャーワールドを守れるのか！？ゆがめられた歴史は元に戻るのか！？デュエマの全てをかけたクライマックスから目が離せない！そしてなんと、長きにわたりつづいてきた「切札ジョー」シリーズの最終章が始まる！その敵となるのは…あの鬼札アバク！ジョーとアバク、全存在をかけたふたりのデュエルが始まる！付録カードは「S・S・S」のジョニー・ジョラゴン・モモキング限定イラストver．！
切札家の物語、ここに完結！切札ジョーと鬼札アバクの最終決戦、いよいよ開幕！鬼の力を止めることは出来るのか？そしてデッキ－をアバクから救うことは出来るのか！？ジョーの長きにわたる戦いがいよいよ完結する！別冊コロコロにのみ収録された「真の最終回」も収録！そしてカードふろくはまさかの豪華2枚！「SMAPONの心絵」「トテントン＜ベア子．Star＞」の限定イラストカードだ！
