左利きのザク、出撃。宇宙世紀0079。地球から最も遠い宇宙都市サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑む。一年戦争と呼ばれるこの戦いは激化の一途をたどり、総人口の約半数を死に至らしめることに。そんな中、宙域では戦況打開のため、ジオンによる新たな部隊が編成されていた。隊長機は、「左利きのザク」そのパイロットの意外な正体とは―――！？
左利きのザクが紡ぐ新・一年戦争譚ジオンの英雄的サッカー選手だったユーリー・コーベル。しかし一年戦争が始まったことで、彼の運命は大きく変わってしまう。国威高揚のプロパガンダとしてMSに乗ることを強いられたユーリー。彼に拒否権はなく、「レプス部隊」の隊長を命ぜられる。皮肉なことに、MSの操縦に関してはサッカー同様 抜群の才能を発揮したユーリー、戦場では誰も彼を止めることができず、戦果をあげ続けていた。しかしそんな折、戦場で彼が出会ったのは、なんと自分と同じかつてサッカー選手だったパイロットで！？
慟哭の砂漠に咲くは師弟愛。選手時代の監督だったクラウデンと再会を果たしたユーリー。だが喜びも束の間、ジオンの要人を秘密裏に護送する任務が待っていた。オデッサを陥落させた連邦は大型陸戦艇ビッグトレーを筆頭に無数の戦車隊、爆撃機でユーリーたちを待ち構える。ユーリーと監督は戦闘直前、互いの意志を確認する。突破口はいつも切り開いてきた。今回も、必ず勝機はあると信じて…！
伝説の“悪魔”が、ついに降臨する。ジオン軍のエース「左利きのザク」を取り逃がし、左遷された連邦兵・シモン。失意の彼が命じられたのは、“ガンダムを作った男”テム・レイの監視だった！！テムとの交流の中で少しずつ戦意を取り戻し始めたシモンに舞い込んだ新たな任務。それは――「左利きのザク」の撃破。そして、因縁の敵との再戦に挑む彼は新たな”力”を手にする…！！！新たなる一年戦争譚、覚醒。
テム・レイのガンダムが牙を剥く！キャリフォルニアベースでの軍事パレードに軍の象徴として参加するユーリーたちレプス隊。だが、そこへ連邦の特殊部隊が奇襲を仕掛けてくる！ ユーリーの前に立ちはだかるのはテム・レイ博士の設計図をもとに作られたガンダム…操るのは以前、ユーリーとの戦いで辛酸を味わったサッカー選手のシモン。とてつもない力を見せる重火力のガンダムを前に勝ち目は…！？
「左利きのザク」の一年戦争譚、完結巻！圧倒的なMSの力で、宿敵・ユーリーを殺してしまったことを思い悩むシモン。だが、彼が生きていたことを知りガンダムのパイロットして自分のなすべきことに気づく。一方、左利きのザクを失ったユーリーはマ・クベがその想いのすべてを託した新たなMSを手にするーーそれぞれの想いを胸に今、幕を開ける月面都市・グラナダでの最後の戦い。彼らはその戦場に何を見るのかーー！？
