凸凹幼なじみの夏休み、はじまるよっ！！陽射しが照りつける7月――七夕はめぐみの誕生日。学から素っ気ないメールしか来なくて…やきもきしながらも、学の家へ向かうめぐみを待ち受けるは…！？不器用ガリ勉男子と、真っ直ぐ元気女子の楽しくてドキドキな夏、始まります。
まさかの急展開……めぐみ、告白される！？4月・新年度、2年に進級した二人！新入部員も加わり高校総体出場を目指すめぐみと、東大合格に向け俄然やる気満々の学…！そんなある日のこと、学は衝撃の“告白現場”を目撃してしまい…！？それぞれ目標を持って頑張る学とめぐみのぽかぽか暖かい日々を見守るべし！！
凸凹幼なじみに勘違い事件発生！！めぐみに彼氏ができた！？と、超絶勘違い発動中の学。でも、二人はただの幼なじみだし、これで勉強に集中できるはず…そう自分に言い聞かせる学の、本音がこぼれる…！？5月、新緑が芽吹くように、想いも膨らむ――ゆっくり変化していく二人の距離を、急かさずじっくり、見守るべし。
凸凹幼なじみの思い出に、勘違い発覚…！？6月、衣替え。冬に蓄えたわがままボディでの夏服…アクシデントの予感！そして、県総体を目前に控えためぐみは、全国大会の出場を目指して、学に、ある“お願い”をする―――スキだらけでも、剣道は真剣勝負！熱血ぷに子の青春と恋を、こっそり見守るべし。
凸凹幼なじみ、修学旅行で超接近！？修学旅行にやってきた、星泉高校2年生一同。この旅行中にめぐみと学をくっつけようと、同級生の三澤さんたちが策謀して――！？海、花火、水族館、バーベキュー…そして、夜の浜辺で遂に二人きり――近すぎる凸凹幼なじみの互いの想い、しっかり見守るべし。
凸凹幼なじみ、再会だらけで距離近づく！？オープンキャンパスで憧れの女子と再会した学――この未来の進路について、めぐみは新たな方向も視野に？ラジオ体操に海の家バイト、部活に、図書館に、家でゲーム♪幼なじみ的至近距離な夏休み、見守るべし！
凸凹幼なじみ、怪我で距離近づく…？うっかり転倒して骨にヒビが入ってしまった学。部活が休みのめぐみが、不自由な学の看病をしてくれることに――いつもと違うめぐみの一面に学の鼓動が高くなり…文化祭も始まる高2の秋、見守るべし！
凸凹幼なじみ、文化祭でサンカク関係？クラスメイトの女子・守屋さんとペアで文化祭実行委員に抜擢されてしまった学。めぐみは、二人の様子が気になってしまい―――？悩ましき乙女の感情渦巻く、ドキドキの文化祭を見守るべし！！
凸凹幼なじみ、事件続発の冬が始まる！12月24日・クリスマスイブは終業式――学とめぐみは帰り道に夕飯を一緒に食べることに。「一緒にいたい…」そんなめぐみの願いが届いたのか、稀に見る大雪が二人の帰宅の邪魔をして…なんだか事件の予感です！！
凸凹幼なじみの結びつきは新たな段階に…！12月24日から25日に日付が変わったその瞬間、めぐみから学への不意な急接近アプローチ！！！！突然のことに学の心は乱れに乱れ、めぐみを意識しすぎてしまい、いつも通りの会話ができないまま年末年始を迎えることに…そんな中、学が急遽入院することになり…！！？
