いまや、バベル管理官・蕾見不二子とパンドラ首領・兵部京介しかしらない戦時下の思い出…激化する戦争の中で運命を翻弄される超能部隊隊員たち。ついに、メンバーの命に、華と散る時が訪れてしまう。エスパーたちの過去と現在をつなぐ重大エピソード「終わりの始まり」を完全収録！
バベルにてチルドレンの超能力訓練中、皆本の知り合いと名乗る女性が訪ねてきた。対面した皆本と女性がハグするのを目撃し、怒り狂うチルドレン。しかも、彼女は現在国際月ステーションの米国のプロジェクトメンバーで、皆本の元・彼女と判明し…！？
黒い幽霊（ブラック・ファントム）によって洗脳された少年と兵部の死闘。エスパー同士の争いに終止符を打つため、薫は2人のもとへ乗り込む。少年をなんとか生きたまま救いたい薫は、兵部が止めるのも聞かず少年と対決するが…
70％の確率で生物汚染が起きるとの予知に基づき、現場の大学研究所に急行した皆本と「ザ・チルドレン」。そこではなぜか研究員たちが互いにどつきあって倒れていて、怪しげなハエが飛び回っていた。さらに紫穂にとまったハエの一匹が彼女に取り憑き、「コレカラハ蠅ノ時代ナノダ」と宣言して…？
前巻から続く、1年半前のチルドレンと皆本との出会いのエピソード。皆本にリミッターを外させることに成功したチルドレンは、緊急出動に便乗して脱走を計画。一方、皆本は桐壺局長からチルドレンの指揮官に志願してほしいと懇願されていた。頑なにそれを拒否する皆本だったが、そこへ衝撃の知らせが…！？
超能力の暴走によるダメージをいやすため自宅待機中の薫の元に現れた、澪ら「パンドラ」のエスパーたち。「黒い幽霊」に操られたエスパーとの戦いに力を貸してほしいと頼まれ、仕方なくついて来た薫だが、体そのものを粒子に変える合成能力者ひとりを相手に大苦戦。澪は兵部の言いつけで薫のガードをするが、澪の仲間が苦戦する姿を見た薫は戦う意志を見せ始め…？
晴れて小学校を卒業したチルドレン。卒業式で感涙する皆本が冷やかされたりしたその後、バベルからは、一人前のエスパーとして3人に新たな制服が支給された。さらに、いつまでも皆本と同居は良くないということで、各自実家に戻るようにとの説明を受けるが、チルドレンは猛反発。特に実家が京都の葵は、学校まで離ればなれになることに耐えきれず…！？
クラスメート・ちさとの誕生日パーティーを計画していた薫たち。だが、その日に空港で大事故が起こるとの予知が出て、超度7の「ザ・チルドレン」でなければ事故を止められないという事態が発生！幸いまだ余地時刻まで50時間もあり、当日を待たずに防止も可能ということだが…？一方、同じくパーティーに呼ばれた悠理は、プレゼントの買い物中に「影チル」と出会い…
ここ数年、活動の中心を海外に移していたパンドラが日本に戻ってきた。バベルは、パンドラが絡む事件には無条件でトップチームを出動させることを決め、当然ザ・チルドレンもその対象に。だが、チルドレンがまだ中学生であることに配慮して、新たな特務エスパー2人をサポートに付けることに。「ザ・イクスプロレイター（診察者）」「ザ・スリーピング・スノーホワイト（眠れる白雪姫）」と名付けられたその2人とは…？
首都圏を襲った謎の霧の正体は、黒い幽霊の娘（ファントム・ドーター）がチルドレンをおびき寄せるために撒いた、強化アレルゲン杉花粉だった。彼女を追跡する皆本たちだが、相手の攻撃を受け、薫が顔から大量に出血し倒れてしまう。もっともそれは催眠能力で見せた幻覚で、実際には薫はほとんどケガしていなかったのだが…
H県の海水浴場で、30％の確率で死者が1名出るとの予知に基づき、その未来を変えるべく出動したチルドレンと皆本。だが今回は規模が小さく確率も低いため、ほとんど予算が出ず、予定地点の海上までは演習ついでの潜水艦に便乗、そこからの監視はスワンボートという有り様。その最中、ゴムボートに乗ったチャラ男たちにナンパされたチルドレンだが…？
