緊迫増す、物語の最終章！！ギリアム率いる黒い幽霊が仕掛けてきた汚染。バベルもその汚染からは逃れられなかった。一時的にバベルを脱し、パンドラと合流したザ・チルドレン。敵の拠点に攻撃を仕掛けるが、立ちはだかるのはバベルの仲間！南海の孤島の敵拠点で薫たちの前に現われたのは、ザ・ハウンドの2人。戦いの果てに、それぞれが見る光景は…！？
薫と皆本、巡る思いは－－ギリアムを追い詰めたかと思われたその矢先、思わぬ妨害が。そしてドロシーや松風と激突した薫と皆本は、互いへの想いを見つめ直す――
一人の男の、常夜の心。晴らせるか――ついに、怨敵・ギリアムと対峙する薫。あまりにも濃い彼の憎悪と、あまりにも深い彼の呪縛。薫は、皆本は、救い出すことが出来るか――
SFアクションコメディー大作、完結。憎悪の権化となった怪物が、世界を呑み込んでいく。全てにケリをつける決戦前、皆本は、“あの場所”で、薫にある想いを伝える。「あの未来の僕はバカだったよ。止められない君を撃つかわりにこう言えば良かったんだ」――SFアクションコメディー大作、大団円！
