勝負の刻は来た、兵部が再び戦いに赴く！世界も性別も全く違うけど、同じ想いを持つ大事な仲間たちKARENとリバースとの共闘の行方は――！？そして、腹心の部下であり家族でもあった真木を奪還するため死んだはずの男、兵部がついに舞い戻る…！
増え続けるエスパーが軍事・外交・経済などの国際競走のカギを握るようになった21世紀。日本国内では3人しか確認されていない最強超度（能力レベル）のエスパーである薫、葵、志穂の3人は、特務エスパー「ザ・チルドレン」として難事件の解決に日夜奔走中である。しかし、凄まじい能力を持っているとはいえ、彼女たちは弱冠10歳の女の子。チルドレンの現場主任である20歳の科学者・皆本は、オマセで生意気な3人に振り回されっ放しの毎日で…
特務エスパー「ザ・チルドレン」として、危険な任務に従事する3人の女の子、薫・葵・紫穂。バベル本部としては、10歳にして凄まじい能力を持っている彼女たちが、今後どう育っていくのかを心配せずにはいられない。とはいえ、本部の予知システムでも「チルドレンは天使か悪魔か？」という質問に対して、まだ答えが出ていないのが現状で…
エスパーである自分たちの能力を存分に発揮し、多発する犯罪や自然災害の解決に今日も活躍する「ザ・チルドレン」。その中にあってとりわけ凄まじい能力を見せつける薫に対し、熱い視線を送るひとりの男がいた。彼の名は兵部京介。地下500mの特殊監房に厳重態勢で収容しても、たびたび外に出てきてしまう“エスパー犯罪史上最悪の人物”らしいのだが…
最近毎晩のように、酒と香水の匂いを体に染み付かせて帰宅する皆本に対して、嫉妬や好奇心を爆発させる「ザ・チルドレン」の3人。職務上の機密と言い張る皆本だが、どうやらこの件には女たらしで有名なESPドクター・賢木が関わっている様子。さらに2人は明日、バベルの美人受付嬢2人組との合コンをしようとしていることが分かり…
仕事の合間をぬって、スーパー銭湯にやってきた皆本と「ザ・チルドレン」の3人。だが、そこで遭遇したセクシーな外国人少女は、米政府エスパーチームに所属する高レベルのサイコキノだった！！予想だにせぬ彼女の奇襲に、さすがの「ザ・チルドレン」もなす術なく捕まってしまい…！？
皆本が、エスパー解放のための革命組織「パンドラ」の澪に誘拐されてしまい、直ちに救出へ向かったチルドレン。だが、部分テレポートを使う澪は、2人の分身を生み出して直接対決を挑み、薫たちと互角以上に渡り合う。一方、皆本は同じく救出に来ていた賢木の活躍で脱出を試みるが、そこに澪の本体が下半身だけ現れて…！？
皆本とチルドレンをくっつけようとする不二子の策略により、末摘が超能力で変身した、大人になった姿の紫穂とデートすることになった皆本。だが、こっそり沖縄までつけてきた薫たちがそれを目撃し、皆本の浮気（？）に激怒する。そんなことも知らず、皆本は別の場所で、今度は大人姿の葵に迫られるはめに…？
エスパーと普通人との争いを激化させようとし、チルドレンたちのもとに電磁波義兄弟を送り込んだパンドラ。彼らの電波ジャックにより、自分たちのイメージを汚されたニセ映像を放送されてしまったチルドレンは、不二子の指示で送電線を切断し、都内全域が停電となった中で反撃を開始するが…！？
反エスパー団体の支援者を父に持ちながら、エスパーの兆候が発見された少年・タケシ。超能力の覚醒を促そうと試みたチルドレンだが、その目覚めた力は予想以上で、不意にテレポーテーションされて見失ってしまう。急に強力なエスパーになった子供が、まずやることと言えば――事情を察したチルドレンが向かったその場所は…！？
インパラヘン王国皇太子・パトゥラは、巫女のサラとの結婚を望むが、王族と巫女は結婚できないのがしきたり。だが納得のいかないチルドレンは、自由恋愛を認めさせるべく、しきたりを守ろうとする先代巫女・マサラと決闘することに！3対1の闘いではあるが、マサラも超度7のエスパーである上、歴代巫女のさまざまな超能力を使える強敵で…
