それは、兄を守る美しい武器ーー「下田比呂は私が護る。」CIAのセクションZに所属する工作員・イノリはコンチネ共和国の工作員・プルモを打倒し、天才科学者・比呂の護衛に成功する。しかし安心も束の間、コンチネ共和国は新たな刺客を放つ。その正体とは、イノリと同じ元セクションZの工作員だったーー
それは、兄を守る美しい武器ーー美しい妹が暗躍する、学園スパイアクション！！世界の秩序を守るため、日夜暗躍する「CIA（中央情報局）」。その中でも危険な任務を処理する「セクションZ」に所属する工作員・祈里は、ある特命を受ける。それは天才科学者・比呂を護衛するために、妹として潜入する事だった…
