ついに西本願寺へ移転した新撰組。大栄転ではあるが、京の人々からの風当たりは強かった。逆風を吹き飛ばすかのように前向きにひた走る清三郎ことセイだが、そんな彼女に一層総司の態度は厳しくなり…？明かされる伊東の過去、動き始めた彼の次なる目的とは…！？
時は幕末。文久3年（西暦1863年）の京都。富永セイは、兄と父を「幕府を倒し天皇政治を起こそうとする長州勤皇派」に殺されてしまう。仇を討とうと考えたセイは、長州勤皇派に対立して兄が入隊したかった、「壬生浪士組」の入隊試験を受けた。そのために、名前を神谷清三郎とかえ、性別も男と偽った。なんとか入隊を許され、副長助勤の沖田総司の下に付くことができた清三郎。ところが、まわりはケダモノのような浪士だらけで…！？幕末青春グラフィティ！！
性別を偽り「壬生浪士組」に入隊した、神谷清三郎こと富永セイ。沖田総司を師と仰ぎ、真の武士を目指して日々修行に励むセイ。そんな折、大坂で横行している「壬生浪士組」の名を騙った押し借りの調査をすることになった。そこで、セイは父兄の敵と出会うが…！？
清三郎は浪士組からの進退を賭けて沖田（おきだ）と勝負することに。ところが、勝負のさなか清三郎はお馬（初潮）を迎えてしまう。明里（あけさと）に手当の仕方を教わり表向きは遊里に連泊して遊んでいることにして、急をしのいだ清三郎だったが…！？
酒乱、短気、尊大、我がまま、でもなぜか憎めない芹沢局長が恋をした！だが、時には怒り見下げ果てつつも芹沢への理解を深める清三郎にとって、「誠」の武士が進む道はあまりに非情で…！？
芹沢の暗殺、局中法度の制定…武士として生きる事の厳しさに傷つきながらも、日に日に成長する神谷清三郎こと富永セイ。しかし一見過酷なばかりの隊内にも、やっぱり“青春（トキメキ）”は存在して…？
女でありながら、激動の「新選組」の中で着々と真の武士になるべく力を蓄えてきたセイの、豹変の時が遂に訪れた！それは「新選組」にとって長い1日、元治元年6月5日。三条小橋の旅籠・池田屋で…！？
池田屋での大活躍により、全国に勇名を馳せた「新選組」。だが、京の人々の彼らへの嫌悪は、逆に深まるばかりだった。傷つき苦悩する清三郎ことセイは…！？
「禁門の変」は京の町が焼ける大惨事の末に終結し、苦い勝利を得たセイたち。そんな中、「新選組」が大火に乗じて六角獄舎の罪人を惨殺したという噂が…！？幼い日の総司と、近藤、土方の出逢いを描いたサイドストーリーも収録！
「禁門の変」での功績を認められ、着々と幕軍の精鋭部隊となっていく「新選組」。隊の拡充が求められ、新入隊士勧誘の為、藤堂平助が江戸へ旅立った後の局中では、大幅な編成替えが行われることになるが…！？
数々の修羅場をくぐり、次第に勇名を馳せてゆく「新選組」。編成替えによって沖田隊から総長付きの小姓となった清三郎ことセイは、戸惑いながらもなお己の道を貫く決意を固める。そんな中、隊士募集の為、江戸へ下っていた藤堂が帰隊して…！？
