ついに鳥羽伏見で戦闘が始まった！ 薩長軍に寝返る藩が続出し、旧幕府軍は大坂まで敗走した。軍を率いるべき慶喜（よしのぶ）は戦を放棄、密かに城を脱出して江戸へ向かった。再起を信じる新選組もまた、後を追って江戸へ。その船上で土方（ひじかた）は榎本武揚（えのもとたけあき）と運命的な邂逅を果たすが！？ いよいよ江戸編突入の第40巻！！
坂本龍馬（さかもとりょうま）の捕縛に失敗したセイと沖田（おきた）。京に戻った沖田は土方（ひじかた）から叱責（しっせき）を受け、セイは一番隊からの異動を命ぜられる。思い余ったセイがとった行動とは？そして沖田に訪れたある変化とは？セイの新選組入隊以前の過去が明かされ、沖田との関係に新たなる局面が訪れる（！？）
誠の武士として生きながら女子（おなご）の心を捨てきれないセイは、出家を覚悟する。しかし沖田（おきた）が生きてそこにいてくれる幸せに改めて気づき、再び新選組隊士として生き抜く道を選ぶ。沖田もまた己の恋を自覚し、ふたりの関係が微妙に進展しそうな矢先、セイの秘密がついに暴かれる！？緊迫の22巻！！
セイが女子であることを知った斎藤は、沖田に対し正式にセイを嫁にもらうと宣言。沖田は自分をかばって深傷を負ったセイを前に冷静さを失った自分を責め、心が揺れ始める。一方、広島出張中の近藤の身に危険が迫っていた。その背後で糸を引く人物とは…？新選組に新たな危機が押し寄せる！！
薩摩と長州が同盟締結に向けて密かに動き出した。近藤（こんどう）の暗殺を目論む伊東（いとう）という内なる敵を抱えた新選組にとって、それはさらに強大な敵となるはずであった。その頃、伏見に再び坂本龍馬が現れたとの知らせが！彼を捕縛する為、沖田（おきた）率いる一番隊が出動。局長付のセイは待機を命じられるが！？
武蔵国多摩において、少年時代の近藤（こんどう）と土方（ひじかた）は出会った。やがて江戸に出たふたりはそれぞれの道を歩み始めるが、黒船の来航によって時代は一気に動乱の世へ…。そんな中、本格的に剣術を学び始めた土方の身に、人生をも揺るがす一大事が……！？＜勝（かつ）ちゃん＆トシ青春編＞ついに完結！！
弱体化した幕府に幻滅し、失意のうちに広島から帰京した近藤（こんどう）。彼の心痛を察した土方（ひじかた）は、深雪（みゆき）太夫を落籍させていた。別宅にて近藤と深雪の仲睦まじい生活が始まるかに見えたが、土方は深雪を見張れとの命をセイに下す。やがて深雪がその本性を現し始めて！？
混乱を極める幕末、広島では幕府と長州が対峙し、一触即発の危機が迫っていた。新選組では相変わらず伊東（いとう）が土方（ひじかた）への接近を試みていたが、突如、土方が体調を崩してしまう。心配する近藤（こんどう）は、セイを土方の小姓に任命するが！？セイと土方の距離が微妙に縮まる（？）かもしれない…！？
生まれる命がある一方で、戦争のまっただ中に駆り出される命もある。長州と幕府軍の戦端が開かれ、新選組も出陣かと思われていたが……！幕末史にまたひとつ大きな転換期が訪れる緊迫の第28巻登場！！慶応2年（1866年）。嵐の前のひととき…。幌嶋で幕軍と長州軍がにらみあいを続ける中、京では原田左之助の第一子が誕生。新選組隊士は喜びに沸くが、命名をめぐって一悶着…。
神谷清三郎こと富永セイは、男と偽って新選組に入隊。激動の時代を、たくましく生きている。徳川慶喜の排斥を画策する伊東甲子太郎は、密かに副長・土方歳三に接近。一方、セイと総司の仲をあやしく思う中村五郎は、総司に宣戦布告して…！？
徳川慶喜が正式に15代将軍に即位してまもなく、孝明天皇が死去。政権争いにより暗殺が疑われる。伊東は新選組をふたつに分け、分理した一派が薩摩の内部に入り、情報を得るという策を土方に提案する。慶応3年正月、伊東は斎藤と永倉を宴席に呼んだ。門限を破ってまで料亭に居続け、切腹を覚悟する3人にはそれぞれの思惑があった。
