池田屋での大活躍により、全国に勇名を馳せた「新選組」。だが、京の人々の彼らへの嫌悪は、逆に深まるばかりだった。傷つき苦悩する清三郎ことセイは…！？
剣豪にして博学、そして超美形の大物・伊東甲子太郎が遂に入隊した！！土方や清三郎ことセイへの彼の飽くなき情熱（？）で、隊内は結成以来の大騒ぎ。良くも悪くも新しい時代の到来を予感する新撰組だが、その水面下では密かに不穏な空気が漂い始め…？
新撰組の行く末と、最愛の恋人・明里（あけさと）を案じながら、山南（やまみなみ）は切腹――。黙して語らぬまま逝った山南の死は、人々に多くの波紋を投げかける。武士道のあり方に迷いながらも、悲しみを乗り越えようとする清三郎（せいざぶろう）を、待ち受ける次なる試練とは…？
ついに西本願寺へ移転した新撰組。大栄転ではあるが、京の人々からの風当たりは強かった。逆風を吹き飛ばすかのように前向きにひた走る清三郎ことセイだが、そんな彼女に一層総司の態度は厳しくなり…？明かされる伊東の過去、動き始めた彼の次なる目的とは…！？
隊士募集の為に江戸へ下る事になった沖田は、セイの身を案ずるが故に、女子に戻る事をすすめる。しかしセイの選んだ道は、武士生命を賭けた沖田との勝負だった。果たしてセイの運命は…？伊東と西本願寺との癒着、江戸行の顛末から新入隊士の起こす騒動へと、新たな展開を見せる。
沖田との決闘を経て、武士としてまた一歩成長したセイ。しかし新入隊士の中村から女子であると見抜かれた窮状に加えて、さらなる大ピンチがふりかかる！自覚とは裏腹に微妙な動揺を見せる沖田…セイの決意…そして…？
松本良順の登場によって隊士の健康管理が徹底され、衛生面の機能も向上。将軍にお仕えする尖兵として、新選組は一層堅固な体制が整いつつあった。一方、左之助のせっかちな恋はめでたく成就！お年頃ぞろいの新選組に次なるご縁は？そして総司とセイの間にも新たな展開が訪れそうな予感…！？
長州戦に備え、鉄砲訓練が導入された新選組。時代の流れが刻々と変わる中、女子としてのセイの心も揺れていた。近藤（こんどう）の肝いりで進む沖田（おきた）の縁談の行方は！？そして大阪で頻発する騒動を収めるため、近藤自らが出動。沖田の剣がきらめく戦闘の行方は！？新たな登場人物の続出で新展開！！
大坂での騒動がもたらした近藤（こんどう）の恋。神谷（かみや）を想う中村（なかむら）の決断。遊女・小花（こはな）の秘めた恋。そして沖田（おきた）が感じ始めた、かすかな胸の痛みとは？歴史の荒波の中で、様々な恋が揺れる。一方、異国艦隊の来訪で新選組に特命が下り、再び赴いた大坂の地でセイが出会ったのは…要注目？
高慢な態度でセイをいたぶる遊び人浮之助（うきのすけ）。しかし彼のはからいで近藤（こんどう）の恋が思わぬ展開を見せる。その頃、幕府は異国艦隊の無理難題に対し混乱を極めていた。事態を収拾するべく登場した意外な人物とは？一方、功が認められ新選組が重用される中、女子（おなご）・セイの身にも新たな事件の予兆が…！？
長州の動きを探るべく幕府は要人を広島に派遣。新選組にも特命が下り、近藤（こんどう）・伊東（いとう）らが同行する。その留守を預かる土方（ひじかた）に、ある暗殺犯の極秘情報が舞い込む。土方はセイに潜入捜査を命じるが、それは女子（おなご）の身にとって余りにも危険な任務だった…！
