闇王ゼーロと共に、ラスボス零龍の目覚め！水文明を舞台にジョー達の新たな冒険が始まった矢先、ゼーロ達による闇文明の侵略も同時最終終段階にへと突入していた…。ゼーロは闇王の力に目覚め、全てを無にする龍「零龍」を目覚めさせるために動き出すのであった。
ジョーVSゼーロ！最終決戦！零龍を倒せ！デュエル・マスターズ超天篇の最終決戦！！ついにゼーロの最凶クリーチャーである零龍が卍誕した！零龍の卍誕を阻止しようと向かったジョーの親友キラ。しかし、その正義も虚しく零龍は卍誕してしまい、キラは無にされてしまう。ジョーが向かった先には消えゆく友の姿が・・・！ジョーはキラを救うことは出来るのか？！そして零龍を倒すことはできるのだろうか・・・？！
