自然文明編クライマックス！！自然の最強クリーチャー、ミノガミとバラギアラを前にジョーは果たして勝てるのか！？衝撃と感動のラストバトルを見逃すな！そして舞台は新章「水文明編」へ突入！！
ジョーVSゼーロ！最終決戦！零龍を倒せ！デュエル・マスターズ超天篇の最終決戦！！ついにゼーロの最凶クリーチャーである零龍が卍誕した！零龍の卍誕を阻止しようと向かったジョーの親友キラ。しかし、その正義も虚しく零龍は卍誕してしまい、キラは無にされてしまう。ジョーが向かった先には消えゆく友の姿が・・・！ジョーはキラを救うことは出来るのか？！そして零龍を倒すことはできるのだろうか・・・？！
