ウルトラビースト大量出現！明かされる謎！舞台はウラウラじまへ！「ぬし撮影」に挑むサン、一方ムーンはエーテル財団の本拠地「エーテルパラダイス」に漂着、 そこで行われている研究とは？アローラ地方を巡る冒険、ついに異世界の怪物たちとの戦いが始まる！！
温暖なアローラ地方、メレメレ島－－。貯金1億円をめざす少年サンの職業は“運び屋”。島を訪れた少女ムーンをククイ博士の元へ運ぶ途中、島の守り神カプ・コケコとバトルに！ 大人気ゲームのコミカライズ、「サン・ムーン編」スタート！
しまめぐりスタート！Zワザを会得せよ！トーナメントを勝ち抜き、“しまめぐり”をスタートさせたサンは、ムーンと共にアーカラ島へ。キャプテンたちとのバトル！ナゾの生命体との遭遇！そしてZワザとは！？第2巻もゼンリョク大冒険だ！
UBを倒せ！太陽と月の伝説、降臨！！目標の貯金1億円が達成目前のサン。が、アローラの異変はそれをしのぐ速さで進む！全てはエーテル財団の計画だと判明する中、舞台はポニじまへ。「祭壇」では伝説の2匹、そして残酷な結末が待ちかまえていた…！！
祭壇からウルトラスペースへ消えたサンとムーン。ウルトラメガロポリスで“かがやきさま”と対峙する2人の前にUBと一体化したルザミーネが出現！ 一方アローラではキャプテンたちが反撃の準備を整えていた…！！
アローラ地方の物語、ここに完結！ウルトラスペースからアローラへと帰還したサンはラナキラマウンテンでネクロズマとの決戦へ！ アローラの危機を救うべく奮闘するサンの前で、ネクロズマは更なる力を秘めたウルトラネクロズマへと姿を変えた…！！
