“江戸冬の陣”決着から束の間、突如 襲来した“常世の蟲”！！その圧倒的な力を前に為す術がない一行に、「蟲狩」参謀・鳰紫は「蟲奉行様を殺し“常世の蟲”を無力化する」策を提案する…躊躇する仁兵衛の前で、蟲奉行様は自ら胸に刃を突き刺し！？
白熱の“紀州隠密道中”編、さらにヒートアップ！真田十傑蟲との第四戦は、少年陰陽師・一乃谷天間VS蟲人・穴山小介。見るからに武闘派な敵に、天間はどう立ち向かう…！？ そしてバトルはさらに激化！3か所に分かれての死闘が、松阪和歌山城にて繰り広げられる。
“紀州隠密道中”編もいよいよ大詰め！本来の力を取り戻すべく、蟲奉行は常世の井戸へ。続いて井戸に飛び降りた仁兵衛。そこで仁兵衛が目にした物とは…！？秘されし蟲奉行の過去が、今、明るみに…！
蟲奉行の力を取り戻すための紀州での大激闘もついに終幕！ 圧倒的な強さを誇る真田幸村との頂上決戦と、「常世の井戸」での蟲奉行と仁兵衛のドラマ、覚醒した仁兵衛と無涯のコンビネーション…見どころ盛りだくさんのハイテンション展開！ そして物語は意外なクライマックスを迎え…
町娘・お春を連れ去った蟲・似我蜂（じがばち）を追うため、己の身体を餌として差し出した仁兵衛のダメージは甚大──蟲の巣へとなんとか辿り着くが、そこへ「蟲人」が現れて…！？そして動き出す謎の男・鳰（かいつぶり）……新たな脅威が江戸に迫るッ！！
憧れの人・無涯との遠方へのお勤めに胸を躍らせる火鉢や、いろりのことが気になってしょうがない天間と、微笑ましい光景も見え始める江戸の町。しかしそんな折、郊外に謎の建造物が現れて──背後に蟲人（ムシびと）の陰…緊迫！！
蟲人が江戸郊外に拠点として築いた「蟻塚」──その調査を命じられた仁兵衛ら若手同心4人組は、内部へと侵入する。その先に待ち構えていたのは、多数の部下を率いる蟲人・三頭、ハギ・キキョウ・オバナであった──難敵との激闘、開幕！！
倒したはずの蟲人ハギが不気味に覚醒…その正体は超大型蟲・益荒王兜の蟲人であった！ 仁兵衛ら若手同心を襲う空前絶後の巨大蟲人──江戸の町は未曾有の窮地に！そして大坂城に囚われている蟲奉行様は！？
「目安箱」に寄せられた投書により誕生した新たな奉行所──「蟲奉行所」。そこに勤める月島仁兵衛ら強者達は、江戸に巣くう巨大蟲から人々を守るため八面六臂の大活躍！仁兵衛の能力を評価し、仲間に勧誘する蟲狩＆参謀・鳰。彼らは、仁兵衛の母・叶のルーツでもある蟲狩の里の過去を、そして無涯の妹・空のことを語り始める── それを聞く仁兵衛にも衝撃…！？ 必見、物語の大きな謎が明らかに──！！
仁兵衛らの前に現れた、自由な佇まいの男──その正体は蟲人軍幹部・大坂五人衆の一人、毛利勝永であった…！！毛利の強さに圧倒される仁兵衛ら蟲奉行所の面々。そして蟲人軍の襲来により、江戸の町は未曾有の恐怖に包まれる！
真田幸村の急襲により幕を開けた、蟲奉行所＆徳川軍VS蟲人軍の決戦──江戸 冬の陣！ 数万に及ぶ敵軍勢に、無涯をはじめとする蟲奉行所の面々が立ち向かう──！！一方、修行のため父とともに江戸を離れていた仁兵衛は…！？
