主人公・鑑純一郎は、「やりたいことしかできない」ニートなオタク青年。大学卒業後は就職もせず、趣味で日課のアニメブログの更新をする日々。そんなザンネンな兄を心配した妹・純音は、ある日兄に職を用意する。それはまさかの…「教師」！？？「裏サイト」から「メイドカフェ」まで、オタク教師・鑑が華麗に？大活躍！？日本を変えるかもしれない？新機軸オタクティーチャーストーリー、誕生！
S組の生徒・鍋墨綾子を、新興宗教団体の次期教祖に就任させようと企む、綾子の父でもある“現教祖”の手から救い出すため、教団に信者として潜入中の鑑たち――次第に明らかになってゆく教団が抱える秘密…そして核心に近づくほどに増していく脅威に、鑑はたちは打ち勝つことができるのか！？生徒のため、そして町のため、そして、やりたいことのために、YDオタク教師がかつてないほど強大な敵に立ち向かう21巻！
S学級の生徒・鍋墨綾子の視力を奪い、カルト教団の新教祖に据えようと企む、綾子の父でもある“現教祖”と、S組担任・鑑との闘いがついに佳境へ――その驚くべき終焉とは…！！？そして新章では、一切の詳細を知らされないまま、海外からの留学生を受け入れることとなったS学級――当日訪れた異国からの生徒・ミーシカは、なんとIQが500を超える超絶天才児だった！！止まるところを知らないYDオタク教師の影響力は、ついに世界へ伝播！！ますます広がる電波ワールドの、幕開けを知らせる22巻！！
天才的な頭脳を持ちながらも、他人からの指示なしには行動できない留学生・ミーシカをメンバーに加えたS学級。ミーシカのホームステイ先でもある鑑の自宅では謎の襲撃事件が発生し、事態は大きく動き出す！！さらに、夏休みに突入したS学級に試練を与えるため、理事長・暦が用意したのは、島々の組み合わせによりその姿を自在に変える“ギガフロート”での生活で…！！？絶海の孤島で繰り広げられる「面白い国作り」は成功するのか！！？新メンバーを加えた新生S学級が挑む、波瀾必至の夏休み、開幕――！！！
「面白い国」を作るまで、島から出られないと告げられたS学級の生徒たち。理事長・暦の人格を反映したAI“こよみん”に恋をした、IQ500の留学生・ミーシカにより、ついに脱出なるか…！？そして、息つく間もなくS学級を襲うのは、世界中にいる“天才児”たちの精神を電子化し奪うという新たなる謎多き敵…！その正体は！？ 目的は…！！？S学級に芽生えた友情を巡る、世界規模の大混戦が、いま幕を開ける――！！！
ミーシカを取り戻そうとする、ラシアの研究所から逃れるため、ギリギリの逃走劇を続ける鑑とS学級の生徒達…鑑が用意した逃走先は、ミーシカがかつてAI・こよみんに恋をし、与えた身体でもある移動可能な人工島・ギガフロートだった！世界中からテロリスト集団と勘違いされ批判的な視線を注がれる中、綾子を中心とするS学級が取った行動は、なんと国として独立するということだった！！S学級の絆は、迫り来る脅威を跳ね返せるのか！？世界を巻き込む大騒動がここに！！！
YD＝やりたいことしか できない超オタク教師・鑑純一郎が、世界を相手に渡り合う最終章、ついにクライマックス！！！S学級の留学生でIQ500の天才児・ミーシカを、ラシアの研究所から護るため、自らの精神をデータ化して敵地に侵入したのち、素体と呼ばれる精神のない体に入り、サーバーを物理的に破壊するという作戦に打って出た鑑。帰還方法がないとされる作戦の上、研究所の実質的支配者“0号”に身体を乗っ取られそうになり…！！？命を懸けたゲームに勝利することは出来るのか！！？YD電波が世界に轟く最終巻！！！
