起動したら最後、カロス全ての生命を消滅させるという3000年前の負の遺産・最終兵器。ついに敵アジトに乗り込んだエックスがボス・フラダリと対決する！ 野望阻止の切り札は渾身のメガシンカ！ 息を飲む激闘が一冊に！！
カロス地方アサメタウン。部屋にこもりきりの少年エックスに幼馴染みのワイたち4人が呼びかける中、突如伝説のポケモン、ゼルネアスとイベルタルが出現した！ 腕のリング、怪しい組織！ 謎が謎を呼ぶ事件を経て、5人は故郷から旅立つ……！ 超人気ゲーム最新作のコミカライズ！待望の新シリーズ第1巻！！
敵の襲撃を振り切り、ミアレシティに到着したエックスたち。だが安心する間もなく事件は拡大していく！ 敵の名はフレア団！ 巨悪に対抗するようにエックスのもとには続々とメガシンカポケモンが集結する！！ 待望の第2巻！！
空路をゆくエックスたちを空飛ぶトレーナー群が襲いヘリは不時着！ 度重なる追撃にたえかね、ついに反撃に転じる決意を固める一同。操られたアサメの人々を救い敵の野望を食い止めろ！ 最終兵器起動はもう間近！！
フレア団との再戦に向け戦力を整えるエックスたちを黒スーツの強敵・エスプリが襲う！ 驚愕の機能「ボールジャック」とは？ さらにカロス地方3匹目の伝説のポケモン“ジガルデ”までもが出現、果たして激闘の行方は…！？
ポケモンの村で、エックスとフレア団ボス・フラダリが再激突！ 強引にエスプリをコントロールし、第3の伝説のポケモン・ジガルデを操るフラダリに対し、エックス渾身の秘策が炸裂する！！ X・Y編、ここに完結！
