聖封士から白虎を取り戻したのも束の間、タカオたちの前にザガート博士が現れ、その傍らにはなんと友人のキョウジュの姿が。タカオたちに戦いを挑む彼の真意は……！？
木ノ宮タカオはベイブレードを愛する小学生。バトルが好きで負けず嫌いな性格だが、友達思いのところもあり、みんなの信頼も厚い。ある日、友達のいざこざに巻き込まれ、荒っぽいバトルが専門の集団、シェルキラーと闘うハメに…
シェルキラーとの闘いに、ドラグーンを操り、見事勝利するも、シェルキラーのボス・火渡カイに狙われることになったタカオ。ドラグーンとは、この世に4つ存在すると言われる伝説のベイブレードの1体。カイはこのドラグーンをタカオから奪おうと思っているのだ。タカオとカイの果てしなきバトルが始まる！
ベイブレーダー日本一を決める、スーパーバトルトーナメントもいよいよ大詰め。主人公、木ノ宮タカオは、中国の強者、金レイを破り、宿命のライバル、火渡カイとついに激突。タカオとドラグーンのパワーが頂点を迎える…！！
伝説のベイブレードの謎を解くため、中国にやってきた主人公、木ノ宮タカオは牙族のライと勝負することになる。タカオが伝説の力を持つライを必殺技で撃破するが、2人は互いに実力を認め合い、世界を舞台に戦うことを誓う。
ついに始まったベイブレード世界選手権。タカオたち、日本代表チームはカイが不在のまま勝ち進んでいくが、最強と言われるユーロチームがその前に立ちはだかる。日本チームは勝利を手に入れることができるのか！？
非情なるブレーダー集団・ボーグの挑戦を受けたタカオは、謎の島に突入。ついにボーグ最強の男・ユーリと決着を付けることに！！果たして、勝利はどちらの手に輝くのか……！？
見事ユーリに勝利したタカオの前に、さらなる強敵軍団・聖封士が現れ、レイの白虎が奪われてしまう。聖封士から聖獣を守るため、今ふたたびタカオたち4人の力が1つになる！！
ベイブレードの世界大会、G・B・Cに向けて闘志を燃やすタカオの前に、謎の少年・ZOが現れ勝負を挑んできた。その場は引き分けたタカオだったが、後日意外な場所でZOに再会し…
G・B・C予選を無事突破したタカオとカイは、BBAレボリューションとして世界に挑戦することに。大会後から連絡のつかないカイを心配しながらも、友を信じてタカオは旅立った！！
