坂本轍平たちおなじみのメンバーに、新監督が招集した無名の若手メンバーを加えた新日本代表。だが本田圭佑の負傷離脱により早くも大きな不安が…。初戦のテストマッチの相手にイタリア代表を迎えた代表は機能するのか…！？日本代表が迎える大きな転機を見逃すな！そして時は大きく流れて、迎えるワールドカップイヤー。4年前に南アフリカ大会で感じた手ごたえと世界との壁。再び同じ舞台に立つ坂本轍平、本田圭佑たちの胸中が描かれる…！
大ヒットサッカー漫画「ファンタジスタ」の面々が帰ってきた！坂本轍平、本田圭佑らを擁する日本代表はワールドカップ南アフリカ大会でベスト16進出を果たす。そこで確かな手ごたえとともに、まだまだ届かない世界との差を感じる。次のワールドカップブラジル大会で優勝するために…代表メンバーがそれぞれの環境で奮闘する！！夢の続きを現実にする、大作サッカー漫画ここに誕生！！漫画のキャラクターとして、現実の日本代表でも活躍する本田圭佑選手が本人役で登場しています。
ロシアリーグで奮闘する本田圭佑は、希望するトップ下ではなくボランチで起用された。代わってトップ下に入るロシア代表の新鋭ジャギエフ。どちらがチームにふさわしいプレーを見せるのか・・・戦いは正念場を迎える！一方スペインでは、日本が誇るファンタジスタ「坂本轍平」が世界最高峰チーム「R・マドリー」に入団を果たす。だが同時に加入したドイツ代表「オズマ」もまたファンタジスタの呼び声が高いプレイヤーだった。坂本はオズマの控えなのか？その答えがバルセロナとの試合で導き出される・・・！！
スペインでのデビューに成功した坂本轍平は、自身のゴールも含めて優勢に試合を進めていた。だが、相手チームの天才プレイヤー、ネストールの途中出場が試合の流れを大きく変える！！ 果たして轍平は勝利でデビュー戦を飾れるのか！？試合の後、日本に帰国した轍平がまさかの行動を取る。・・・それは結婚！！だれもがうらやむような充実の時期を迎えた轍平。だが、その裏では新生日本代表の計画が進んでおり、轍平はまさかの選外に！？ 新生日本代表の中核、大久保塁との邂逅が運命を動かしていく・・・
ついにブラジルワールドカップでの飛躍を目指して、次世代の日本代表を決める戦いが始まる！！所属リーグで成果を残した坂本轍平や本田圭佑たち。帰国した彼らを待っていたのは、無名の若手選手ばかりを起用した新日本代表との試合だった。力の差を示して圧倒的に勝利しなければならない試合。だが轍平や本田は、予想外の苦戦を強いられる。新日本代表の中心は、ネガティブな天才高校生プレーヤー大久保塁。才能だけなら轍平以上とも評されるその実力は…！？謎の新監督、カルロ・グロッソの思惑とは…？そして前日本代表が、轍平・本田を擁してなお苦戦する理由とは？
次の日本代表を決める戦いは佳境へ！！坂本轍平や本田圭佑ら旧日本代表は、本来の力を発揮し大久保塁ら若手メンバーへ反撃を開始する…しかし、本田圭佑が負傷する不測の事態に。代表に選ばれた轍平達は、本田不在の中、イタリア代表と対戦する。イタリア代表メンバーには野獣と呼ばれるマリオ・パンテッラの姿が…強敵相手の初陣の行方は！？新日本代表が、ブラジルW杯へ向けて本格始動する！！
坂本轍平、本田圭佑たち日本代表が戦うのはナイジェリア、イタリア、ポルトガルと同組のいわゆる「死のグループ」。初戦の相手はナイジェリア。このグループの中では勝ち点を計算できる相手と思われたが…ケガから復帰した本田圭佑と坂本轍平がかみ合わない上に、先制を許すまさかの事態！？刻一刻と迫る試合終了のホイッスル。両エースが不調の状況でヒーローは現れるのか！？増刊号のサンデーSで掲載された山波選手の復活ストーリーも収録した、ワールドカップ激闘編スタート！
ワールドカップに臨む日本代表は、グループリーグの第2戦でポルトガルと激突！！世界最高プレイヤー・ロナウドの前に苦戦は必至！？迎え撃つ日本は、坂本轍平と本田圭佑を前後半で完全にスイッチする奇策を打ち出す…その中身と成果やいかに！？
初戦のナイジェリア戦を引き分けた日本代表。2戦目のポルトガル戦で勝ち点をもぎ取るべく、攻勢をかけ3－1のリードで後半をリードする。だが、ただでは終わらないのがポルトガルのエースロナウド。疲労の見え始めたディフェンスを圧倒的な個人技で切り裂き始める…。果たして日本代表は勝利を収めることができるのか！？そして3戦目に迎えるイタリア戦の前日にビーチで、イタリア代表と日本代表が激突する…！？ワールドカップグループリーグ佳境へ！！
ワールドカップでのグループリーグ第三戦。日本代表が予選突破するには、イタリアを相手に勝つしかないという状況に追い込まれる。ここまでの試合での改善や修正を重ねて臨んだ代表チームは、イタリア相手に苦戦しつつもリードを奪うことに成功。このまま試合が進めば予選突破も…というムードが生まれるが…！？満を持してイタリアチームに投入されたのは、前作「ファンタジスタ」からの轍平のライバルでもある天才マルコ・クオーレ。サッカー界から姿を消していたはずの天才に日本が、いや世界が再び驚かされる・・・！！
