男子との合同作戦で、謎の敵を撃退したモエスの女子メンバー。が、ホッとしたのもつかの間、最強の敵が現れる。苦戦の末、撃破した敵を回収・解析すると…敵の正体には驚くべき事実が判明し…！！
世界遺産モン・サン・ミッシェルが宇宙戦艦型全寮制学園？男性少子化未来、地球を救うのはそんな聖モエス学園に入学した少女たち！？元祖・腐女子の榎本ナリコ氏が挑むお色気なしのSFファンタジックコメディー！
謎の流星群により男子出生率が低下した未来。世界遺産モンサンミッシェルが宇宙戦艦に！選ばれし女子高生は地球を救う士官候補生！元祖・腐女史の榎本ナリコ氏が贈る『宇宙戦艦ヤマト』へのオマージュ、ここに！
冥王星付近での敵異星人「セフィロト」との戦闘に続き、準惑星エリスにある彼らの前線基地奇襲にも成功したモエス。みんなが喜ぶ中、モエナだけは貢献できない自分に孤独感と疎外感を抱き…。
謎の流星群によって男子出生率が著しく低下した未来…滅亡の危機に瀕した人類はモエナ達選ばれし11人の子供を「モエスの方舟」に乗せ、宇宙へと旅立たせた。苛烈な戦いを切り抜け、モエナ達が知ったのは驚愕の真実…戦うのか、逃げるのか？少女達は、何を選ぶのか――――――……
