盟央大を一時離れ、架空市立多賀動物園の臨時職員となった鉄生。だがここの職員は、仕事に対して無気力な人間ばかりだった。そんな彼らに、動物園の仕事の素晴らしさを再認識させるべく大奮闘した鉄生の情熱は、徐々に職員たちへ伝わっていく。だがそんな矢先、コウノトリのくちばしが折れてしまうトラブルが…！？
地球温暖化や密猟により、絶滅の危機に瀕している北極グマ。そんな彼らを保護するUNDP（国連開発計画）に協力すべく、鉄生は陵刀らと北極へ向かう。そこで鉄生は、かつて自分が助けた小熊の“クマ”が基地内で保護されているのを発見するが、クマは足を骨折していた。しかもその原因は、温暖化による餌不足以前にはありえない“共食い”によるもので…
冬野動物公園で多数の動物が突然苦しみだしたという連絡を受け、急きょ現場へ向かった鉄生。患畜はゾウ、カバ、ラマ、シマウマなど草食動物のエリアに広く分布していて、鉄生は伝染病や水源、餌などから原因を考えるが、どれも一見問題はない様子。すると、そこに聖ボブ獣医大メディカルチームと名乗る、妙な3人組がやってきて…！？
希少な鳥・コウノトリを繁殖させようとするものの、全く求愛行動をしないことに悩む「ズートピアさがみ」の依頼で、診療に訪れた鉄生。その場にいた宝生の言葉をヒントに、機織り機を使うという画期的方法で見事解決するが、飼育員たちはフラミンゴの繁殖についても協力してほしいと頼んできて…？
鉄生の勤務する盟央大に応援要員として移籍してきた看護師は、なんとR．E．D．時代の同僚・瀬能みかだった！この日、子アシカの診察予定だった鉄生は、さっそく安座間の指示で瀬能とコンビを組むことになるが、水族館へ向かう車内で、彼女から「大好きな人と一緒に仕事がしたい」と正直な胸の内を告白されて…
幼なじみの宝生と一緒に暮らし始めたことが原因で、超肥満体になってしまった鉄生。ダイエットを兼ねた動物園でのデート中、カバの異変に気づいた鉄生がさっそく診察すると、そのカバは胃にガスがたまる「鼓張症」になっていた。栄養価の高いクローバーを与えすぎたことが原因と見抜く鉄生だが、そのことが自身の太り過ぎも反省するきっかけに…
足のケガの治療のためにテーピングをしても、嫌がって外してしまうアフリカ象の子供・太郎。そこで鉄生は付きっきりで遊び相手になることで、太郎が足を気にしないようにする方法を採るが、子象といえどパワーは人間の比ではない。ボロボロに傷ついた鉄生の姿を見かねた飼育員が、ついに止めに入るが…？
