希少な鳥・コウノトリを繁殖させようとするものの、全く求愛行動をしないことに悩む「ズートピアさがみ」の依頼で、診療に訪れた鉄生。その場にいた宝生の言葉をヒントに、機織り機を使うという画期的方法で見事解決するが、飼育員たちはフラミンゴの繁殖についても協力してほしいと頼んできて…？
ヤンキー高校生・岩城鉄生はある日、公園でいじめられている小犬を助けた。絶対音感を持っている鉄生は、その小犬の心音が普通と違うことに気付く。近くの動物病院に連れていくと、やはり「動脈管開存症」という病気になっていた。鉄生は以前に知り合った獣医・賀集に小犬の手術を依頼。彼の手助けをして、小犬を助ける。その時、将来の目標が何もなかった鉄生は、自分も獣医になろうと決意した！
密猟や地球温暖化に苦しむ北極グマを保護するべく、極寒の地に乗り込んだ鉄生、陵刀、瀬能。すると早速ヘリコプターに乗った密猟者が、北極グマを狙う現場に直面した。銃で撃たれ傷ついたクマを救うべく、鉄生は危険もかえりみず北極グマに近づく。だが逆に手負いのクマに襲われ、背中に大ケガを負ってしまった。それでも鉄生は自分よりも北極グマを救おうとし、陵刀に基地から輸送車を運んでくるよう指示する。
院長の命令により、鉄生がR．E．D．の第六科にレンタル移籍することになった。陵刀はあまり乗り気でなかったが、鉄生自身は、二科の元エース美坂洋平という男のためだけに作られた科だという話を聞き、期待に胸を膨らませる。ところがいざ六科に行ってみると、そこはとんでもない所だった！
陵刀の遠隔指導を受けながら、動物園でパンダの健康診断をすることになった鉄生。そこで鉄生は毎日パンダ舎の前でスケッチをしている高校生から、パンダの病気を治して欲しいと訴えられる。自慢の耳を使っても、特に変わった音は聞こえてこない上、毎日接している飼育員も特に異常を感じていない。果たしてパンダは本当に病気なのだろうか！？
陵刀と共にサーカス見物に来た鉄生だったが、そこの3兄弟が団長の座を巡り争っている上、メインの曲芸に出てくるはずのゾウが病気になってしまい、興行どころではなくなっていた。たまたま居合わせたため、治療を依頼された陵刀と鉄生だが、仲間の病気で気が立ったゾウ達は近寄る事ことさえも危険な状況。はたして無事に治療することはできるのか！？
過労でダウンした鉄生は、強引に長期休暇をとらされ、陵刀やみかと共に沖縄へ。そこで、偶然再会した鉄生の幼なじみ・宝生たちと一緒にダイビングに興じていると、目の前でマンタが無謀運転のボートと接触しケガをしてしまった！そのとき海中にいて急浮上できない陵刀とみかが不在の中、海洋生物の知識に乏しい鉄生とドシロウトの宝生2人だけでマンタの治療を開始するが…
多発するクジラの座礁問題の謎を究明するため、陵刀やみかと共に鹿児島にやってきた鉄生。調査の結果、原因がR．E．D．の天敵・死領率いるSIFの所有する船にあることを突き止める。そこで鉄生と陵刀は船医に扮して船に乗り込むが、死領に正体を見破られてしまう。果たして2人は、無事にクジラたちを助けることができるのか！？
カナダから2年ぶりに帰ってきた樹木医兼獣医の木々樹リンと、一緒に樹木の治療をすることになった鉄生。樹木については無知な鉄生だったが、樹木医や林業の世界では音での診察がとても重要だと木々樹から教えてもらう。そして、原因不明で枯れ始めた林のくぬぎたちを治療するため、木々樹と共に三角山へ向かう。どうやら原因は山の水脈にあるようで…！？
喘鳴症（左喉頭片麻痺）にかかった競争馬・ウメタカミヤの手術を成功させた鉄生。その後もウメタカミヤの回復は順調で、念願の大日本ダービー出走も決まった。だが、ウメタカミヤを駄馬と見なして鉄生と対立する馬主・馬帝が、有力騎手をこの馬に騎乗させないよう圧力をかけてきて、それを知った鉄生は…！？
エリート助教授・盟央大学獣医の桜坂でさえ、風邪以外の原因を探しきれなかったカンガルーの下痢。この難題に鉄生が挑むことになる。しかも、桜坂とお見合いをしていた瀬能は、鉄生が他の病気を発見できなければ、彼と結婚することになってしまうのだが…！？
