「反原子力」の世論の高まりを受けて、政府はプルトニウムの一部国外返還を発表。プルトニウム1．8トンを載せた輸送船「第2あかつき丸」が、フランスへ向け出航する。しかし、出航後間もなく宮城県沖で、「第2あかつき丸」がシージャックされた！首謀者は、かつてNPSとSATを苦しめたテロリスト・正木！！ はたして、その目的は！？そして、日本政府の対応は！？
テロリスト・正木によるプルトニウム輸送船「第2あかつき丸」シージャック事件を解決すべく、NPS、SAT、そして海保の特殊部隊SSTの共闘が決定する！しかし、考え方の異なる三部隊の足並みはまったく揃わず…！？さらには、この騒動の最中に霧山が何者かによって…！？
史上最悪！！テロリスト・正木によるプルトニウム輸送船シージャック事件は未だ日本を震撼させ続けていた！NPS、SAT、そして海保の特殊部隊SSTの三部隊が共闘を試みるも上手く行かず…そんな中、「2時間以内に解決できないなら米軍介入」の通達が！タイムリミットが迫る中、NPS・香椎が考えた前代未聞の作戦で、三部隊が“日本の誇りをかけ”遂に突入開始！！正木率いるテロリスト一派と激しい攻防の末…！？空前のスケールで描かれた“プルトニウム編”遂に完結！！
プルトニム輸送船シージャック事件の恐怖も未だ覚めやらぬ東京で、今度は山手線に爆弾をしかけるトレインジャック事件が発生！！！犯人は「正木の遺志を継ぐ者」と名乗り電車を止めれば爆発させると。はたして犯人の目的は！？そして解決策はあるのか！？さらに、SATの天才狙撃手・蘇我を過去最大の試練が襲う…！？
長年“ジャンボ”の愛称で親しまれたボーイング747が、引退記念のラストフライト中にハイジャックされた！機内で使用された武器は3Dプリンター製銃…。エアマーシャルとして同乗していた横川秋の父親、“初代SAT隊長”横川勇太郎の機転で、ジャンボは警視庁SATとNPSが待ち構える羽田へ戻る事になるが…。一方その頃、ハイジャック犯の1人が自分の姉を殺害した犯人だと知ったSATの蘇我が…！？
3D銃によるハイジャック事件解決のため、遂にSATが突入！！一瞬でカタがついたかに見えたが！？さらに、現場の混乱の中で蘇我が姉の仇を…！？
燃えさかるジャンボジェット機の中で遂に蘇我が“姉の仇”壬和と対峙！！積年の恨み晴らすべく蘇我が引き金を引かんとしたその時、神御蔵が止めに入るがその次の瞬間…！？信念と信念がぶつかり合い魂が雄叫びをあげる！！ハイジャック編遂に完結！！
姉の仇を討ちそびれ目標を見失ってしまった蘇我は抜け殻と化し声を失ってしまう…何とか助けようと必死の神御蔵は、SATの中丸にある提案をするが！？一方、蘇我を復活させるのに、「男の力だけではダメだ」と判断した横川秋がイルマにある相談をする。果たして、蘇我の復活なるか！？
人気ロックバンドのライブ会場に突如、テロリストが出現、多数の観客が人質となり、劇場が占拠された！ それは人口増加に歯止めが効かない地球の未来のために、「人間を間引く」という思想をもつ集団・アルタイルの仕業だった。人質となった観客の中には、神御蔵にとって大切な人、ゆづるも含まれていた。SATとNPSは人質救出のため、直ちに劇場に向かうが．．．．．．“軍師”と呼ばれる謎の男が統率するアルタイルの目的は、果たして何か．．．．．．！？
突然、劇場を占拠、人質を盾にとる国際テロ組織・アルタイル。警察は慎重に包囲網を張るが、依然、目的が不明の彼らに手間取る。治安の最後の砦たる特殊部隊SATは、機を見て劇場内に踏み込むが、アルタイルは日本警察の弱点を突き、総攻撃をしかけてくる！！ そして劇場内にいたゆづるも瀕死の状態に・・・！！？？悲劇の後、日本を皮切りに世界規模でテロを仕掛けるアルタイルへの対抗策として、NPSはある人物を海外・インドネシアに派遣するが・・・・・・！？S史上最悪のテロ組織との死闘を描く「アルタイル編」、ますます白熱！
S史上最悪のテロ組織・アルタイル。特殊部隊SAT、SST、NPSが再び結集し、彼らとの総力戦が日本で始まる。アルタイルの首領・槇の子どもを人質に、NPS隊長・香椎が選んだ最終決戦の舞台は東京湾・第二海堡。両者が激戦を繰り広げる最中、槇と警察庁統括審議官・天城が対面するとき、誰もが予想しなかった出来事が起こる・・・！？日本の特殊部隊の真髄を描き続けた「S」、本巻にて遂に完結！！
