史上最悪！！テロリスト・正木によるプルトニウム輸送船シージャック事件は未だ日本を震撼させ続けていた！NPS、SAT、そして海保の特殊部隊SSTの三部隊が共闘を試みるも上手く行かず…そんな中、「2時間以内に解決できないなら米軍介入」の通達が！タイムリミットが迫る中、NPS・香椎が考えた前代未聞の作戦で、三部隊が“日本の誇りをかけ”遂に突入開始！！正木率いるテロリスト一派と激しい攻防の末…！？空前のスケールで描かれた“プルトニウム編”遂に完結！！
韓国大統領の来日に向け、警備に追われるNPS隊員たち。しかし、雑用を押し付けられた神御蔵の近くで無差別殺傷事件が発生。犯人の命を奪ってでも事態を解決する制圧部隊SATが出動したため、NPSの出番はないとの命令だが、たまらず駆け出した神御蔵が見たものは…！？
日本警察最後の砦として、テロ・凶悪事件を制圧（犯人を殺してでも、国家の安全を守る）するSATと、どんな凶悪犯でも殺さずに確保する事を信条とした新参者NPS…。二つの特殊部隊は対立しながらも、同じ現場に出動する機会は増えつつあった。そんなある日、武闘派ヤクザが人質を取ってビルに立てこもり、銃を乱射する事件が発生し…。雑誌掲載時大反響だった『命の盾』編収録！！！
SATとNPS対照的な二つの部隊の合同訓練が急きょ実現。各競技の成績はSAT優位で進むが、最後の種目エントリー訓練を前に、人質役で参加すべく訪れた横川警視が何者かに拉致され！？
合同訓練の最中、訓練に参加していた警視が何者かに拉致された！ 最後の砦であるはずの特殊部隊が出し抜かれるという前代未聞の事件に、警察上層部に激震が走る！ この事実が外部に漏れれば日本警察の存在が根底から覆される！ 上層部は現場にいたSATとNPSだけで隠密裏に事件を解決する事を厳命…。はたして様々な制約がある中、SATとNPSが共闘しマル被を追い詰めて行くが、事件は思いもよらぬ展開を見せ始め…！？
NPS隊員の束の間の休日、隊員の一人、古橋の自宅に一人息子の史朗が訪ねてくる。史朗は、離婚した元妻と暮らしており、今は離ればなれ。久々の再会に戸惑う古橋は、史朗来訪の真意に気づけず、史朗を深く傷つける結果に…。父子はお互い歩みよれぬまま、史朗と迎えにきた元妻は高速バスに乗り帰路につくが、そのバスがバスジャックされてしまい！？
警察庁に新設された、どんな凶悪犯でも殺さずに確保する事を信条とした特殊部隊“NPS”…そんなNPS隊員・古橋の元妻と一人息子・史朗を乗せた高速バスが埼玉県でバスジャックされた！！埼玉県警察が事件に対応するが、特殊部隊による狙撃で高速バスはタイヤがバースト、東京と埼玉の県境にあるトンネル内で停車してしまう…現場に駆けつけた古橋は単独でマル被との人質解放交渉に臨むが…！？
NPSの副官・速田はかつてSIT（警視庁刑事部捜査第一課特殊犯捜査第1係）に在籍し、将来を有望視される新人だった。ところが、ある誘拐事件の重要参考人と恋仲に落ちてしまいSITを去ることに…それから4年…かつての誘拐事件と酷似した手口の事件が発生！速田の彼女が再び捜査線上に浮かび上がる！彼女の無罪を信じる速田は単身捜査に乗り出すが、それは、古巣・SITとの対決を意味し…！？
神御蔵の機動隊時代の同期で、現在、内閣官房長官付きのSP・荒垣が職務中に突然姿を消した！荒垣は極めて優秀な警察官で職務態度もマジメ、私生活も第1子の出産を間近に控え順風満帆、失踪する理由は一切見あたらない…審議官からの極秘の指令によりNPSが捜査に乗り出した矢先、荒垣を誘拐したという男から連絡が。男の要求は「SATとの直接対決」だった！？
縁上の事件解決を機に蘇我がSATに戻る事になり、代わりに新しい狙撃手がNPSに加入してくる…が、その人物がトンデモないヤツでNPSは大混乱！！ そんな矢先、かつてない大規模なテロが首都圏を襲う！！チームとしてのまとまりが取れないまま、出動を余儀なくされるNPSだったが、そのテロの首謀者が、かつてNPSとSATを苦しめた、“あの男”だとわかり！？
「反原子力」の世論の高まりを受けて、政府はプルトニウムの一部国外返還を発表。プルトニウム1．8トンを載せた輸送船「第2あかつき丸」が、フランスへ向け出航する。しかし、出航後間もなく宮城県沖で、「第2あかつき丸」がシージャックされた！首謀者は、かつてNPSとSATを苦しめたテロリスト・正木！！ はたして、その目的は！？そして、日本政府の対応は！？
