時は1637年の島原。隠れキリシタンの村に住む少女・サチ。そこに漂着した、海賊めいた南蛮人・ディエゴ。そして、時同じくして立ち上がる天草四郎。抗えぬ歴史の渦が、3人を飲み込んでいく――
サチとディエゴが出会ったのは“奇跡を起こす”謎の青年・益田フランシスコ四郎。過酷な年貢の取り立てと隠れキリシタンの摘発に苦しんでいた村民は四郎を中心に蜂起し、代官所を襲う！！サチは、自分たちを苦しめた憎き代官・石川を追い詰めるが――
益田フランシスコ四郎を中心に激しさを増す戦乱。その最中、サチは最愛の人・七右衛門の仇を捜し、四郎を訝しむディエゴは、彼を問い詰める。そして、すべてを知ったディエゴは、日本を出ていく――異聞・島原の乱、完結。
