巨大隕石衝突へのタイムリミットが迫る中、ついにレックウザが姿を現した！ 再びその背に乗ったルビーの前に伝承者ヒガナが立ちはだかる！！ 星を救うために何をするべきか――様々な想いを背負い、舞台は宇宙へ！
巨大隕石衝突まであと10日！ この星に大きな危機が迫る中、ホウエン地方の3人の図鑑所有者、ルビー、サファイア、エメラルドが再集結！ 陸に海に天空に再び現れる伝説の刃！ 新たな冒険が今始まる！！
巨大隕石を止めるべく、レックウザ探しに乗り出すルビーとエメラルド。一方サファイアは次元転移装置を巡りヒガナと対決！ さらに、ゲンシカイキしたグラードンとカイオーガにはあの二人の姿が…。いったいどうなる！？
