闇vs梁山泊の全面戦争が火蓋を切られた状況下、学校から帰宅する兼一と美羽のもとにも、YOMI入りを狙う武術家たちが襲いかかってきた。彼らを倒し事情を聞くと「いま、武術界では誰もが最強の弟子を捜している」と言われ、どうやら闇が兼一の情報を武術界に流していることも分かってきた。想像以上の深刻な事態に、美羽は兼一を24時間サポートすることを約束するが…
中学時代いじめられっ子だった白浜兼一は、強くなりたいと高校入学と同時に空手部に入った。だが、元々ひ弱なもやしっ子の兼一は、他の部員たちから邪魔者扱いされ、サンドバック代わりにメチャクチャ殴られ、雑用にこき使われる毎日。そんな兼一に、転校生してきた美女・風林寺美羽が近づいてきた。彼女は容姿端麗、頭脳明晰、さらには新体操の名選手で、武術の達人でもあるというスーパーガール。だがそのため周りから浮いてしまい、友達ができなくて悩んでいた。そこで自分と同じようにポツンと一人でいる兼一に、友達になってほしいと声をかけてきたのだった。兼一は喜んで、申し出を受ける。その日の帰り、ヤクザに絡まれている美羽を見かけた兼一は、勇気を振りしぼり、美羽を助けようとするが…！？
スポーツ化した武術になじめない豪傑や、武術を極めてしまった達人たちが集まり、共同生活をしている場「梁山泊」。いじめられっ子で強くなりたいと願う兼一は、そこに入門することになった。最初に兼一の師となったのは、哲学する柔術家・岬越寺秋雨。秋雨は常識的な人間であり、子供の頃は兼一同様いじめられっ子だったと聞き、兼一はホッとするが、その指導はやはりとてつもなく厳しかった！！
地区を牛耳る不良グループ「ラグナレク」のメンバーたちに囲まれた兼一。多勢に無勢で、どうにも勝ち目はなさそうだったのだが、そこへ逆鬼が通りがかった。彼はごく簡単なアドバイスだけを残して立ち去ってしまうが、兼一は勇気を出して不良グループと対決。リーダー格の“ケリの古賀”を倒す。
「ラグナレク」のメンバー・宇喜田に人質に取られたクラスメイトを救うため、彼らが待つ学校の屋上に向かった兼一。兼一はアパチャイに仕込まれた“カウ・ロイ”という飛びヒザ蹴りで宇喜田を倒すが、もう1人の敵・武田にも勝負を挑まれてしまった。元ボクサーである武田のパンチに、兼一は苦戦する。
ラグナレク幹部・辻の襲撃を受け、敗れてしまった兼一。梁山泊の面々はもっと兼一を強くするために、秋雨を中心に「死んでもともと人生格闘化大作戦」を実行に移す。それは兼一を梁山泊に住み込ませ内弟子とし、生活のすべてを武術で染め上げるというもの。武術でたまった疲れを武術で癒し、武術あっての自分だという事を思い知らせる生活。兼一の選べる道は、武術か死かの二者択一しかない。兼一にとって、今まで以上に厳しい本物の修行が始まる！
梁山泊の内弟子となった兼一。3週間、訓練に明け暮れる毎日を過ごした彼は、思い切って秋雨に夏休みが欲しいと願い出る。すると、秋雨は意外にも海水浴に行こうと提案。美羽との仲の進展に胸膨らませる兼一だったが、なんと目的地の島へ向かう船は自作のもの、しかも兼一自らが動力となる足こぎ式で…。やっとのことでたどり着いたのは、地図にも載っていない島、「風林寺島」だった。
キサラ隊をなんとか倒した兼一は、新島に“新白連合”の真意を問い詰めることに。すると新島は、兼一の腕っぷしと自分の頭脳を合わせ、街で最強のグループを作るなどと言い出し、兼一はあきれ果てる。一方、兼一の強さに興味を持ったラグナレク第六拳豪のハーミットは、兼一のことを聞き出すべく、新島の帰りを待ち伏せするが…
ラグナレク第六拳豪・ハーミットの正体は、なんと演劇部の好青年・谷本だった！！激闘の末、なんとか引き分けた兼一だったが、師匠たちは兼一に強力なライバルが出来たことを喜び、さらに厳しく鍛えるために山修行へと連れだす…
新白連合の野望達成のため、新島がラグナレク八拳豪の新情報を持って梁山泊にやって来た。今度の相手は第五拳豪“ジークフリート”。倒してもキリがないゾンビのような相手ということだが、勝手に連合に入れられただけで、戦う気の全くない兼一は知らん顔。それでも新島は、さらなる情報収集のため敵アジトに潜入を試みるが、ついに捕まってしまった！新島が唯一誇る逃げ足をも凌駕するその相手とは…！？
以前、街で兼一とはぐれ、不良にからまれたところをハーミットに助けられたほのか。彼が兄と敵対しているとは知らないほのかは、彼の家へ遊びに行くまでになついてしまう。ところがそこにロキが現れ、ほのかが兼一の妹であることが発覚してしまい…
