打倒梁山泊を掲げる闇の一影九拳。その弟子集団“YOMI”の新リーダーは、一影の弟子・鍛冶摩里巳に。そしてDオブD終結後、高校2年生に進級した兼一と美羽だったが、新学期初日、なんとYOMIのメンバー4人が兼一たちの通う荒涼高校に海外留学生としてやってきた。果たして彼らの目的とは…！？
梁山泊と“闇”との闘争が激化する中、兼一たちの高校に留学生としてやってきたYOMIの4人は、特に目立った動きを見せないまま。そんな中で迎えた荒涼高校体育祭、騎馬戦に参加したコーキンたちが、開始早々兼一を狙って猛ダッシュで襲いかかり…？
YOMIの一員・コーキンに殺されかけたことで刻まれた恐怖を克服するため、しぐれの刀狩りに同行することになった兼一。その先で、しぐれの首を狙う武術家の集団に囲まれ、しかも敵の中には“闇”の武器組・紀伊陽炎の姿も！そんな中、しぐれは自らの死角を兼一に守らせるように立ち、「恐怖を飼い慣らせ」とアドバイスをする。そして兼一は、槍を持った鎧武者と一対一の死闘を演じることに…
臨海学校に出かけた荒涼高校生徒たちを襲う、ボリス率いるロシア軍精鋭部隊。敵に囲まれ窮地に陥っていた新島が手持ちの笛を吹き助けを呼ぶと、そこに現れたのは秘密裏に同行させていたジークフリートだった。そして美羽や谷本はもちろん、ボリスに義理のないレイチェル＆イーサン姉弟も荒涼側について応戦する。一方、兼一はボリスに一対一の真剣勝負を挑まれて…
馬剣星の娘・連華から、梁山泊に電話がかかってきた。かつて兼一たちとDオブDで戦い、今は黒虎白龍門会を抜けたために命を狙われている“三頭竜”の郭、楊、帳を父の命令で守り、中国から日本に連れ帰ってきたのだ。久々に兼一と会いたい連華は、瀕死の重傷を負った三頭竜が会いたがっていると見え見えの嘘をついて、兼一ひとりを呼び出すが…？
「YOMI戦に備えて技を磨くべき」との連華の一言から始まった、兼一対武田の実戦組手。裏ボクシングの技術を駆使する武田に焦った兼一が制空圏を発動しようとした刹那、なんと武田の“無拍子”が炸裂した。なんとか立ち上がった兼一だが、武田はそんな兼一に武術家として大きな欠点があると指摘する。それは「勝利に対する執念がない」というもので…
一影九拳のひとり“笑う鋼拳”の船で繰り広げられる師弟タッグマッチ。色香に弱い馬の隙を突く戦法で鋼拳＆レイチェルが優位に立つも、娘の連華が色香攻撃で辱められると戦況は一変。馬の怒りの鉄拳が炸裂し、攻防はさらに過熱。一方、機関室で爆弾を発見し宴の真相を知った兼一達は、馬のもとへ向かおうとするが鋼拳の部下・ミートマンに行く手を阻まれ進むことが出来ず…！
櫛灘美雲の判断で、千影からイーサンへ委譲した兼一抹殺指令。イーサンは兼一に対して私怨はなく、梁山泊をやめれば戦わないと言ってきたが、兼一はこれを拒否して対決の道を選ぶ。ヨガのような奇妙な動きをするイーサンの武術は、カラリパヤトゥというインド発祥の武術の元祖的存在。この謎の武術への対応策を授けるため、今回は長老自らが稽古をつけることに…！
レイチェルを救うべく“闇”の拠点へ向かう兼一！！拠点では、逆鬼ら梁山泊の師匠達と、一影九拳が激突する！！さらに、謎に包まれていた10人目のYOMIの正体が、遂に明らかに…！？緊迫する戦況！！
“闇”の武器組から名刀・赤羽刀を守るべく、梁山泊出陣！！逆鬼、しぐれと行動を共にする兼一だったが、櫛灘師弟、紀伊陽炎ら無手組＆武器組の難敵が続々と襲来し…！？凶刃乱舞、死闘！！
一瞬で銀行強盗を撃破した、一見普通のサラリーマン田中勤。梁山泊を訪れた田中勤の口から明かされる、衝撃の事実とは！？そして徐々に明らかになる、“久遠の落日”という言葉の持つ意味…動き出した“闇”との抗争はますます激化！敵陣潜入！全面戦争！！
