突然襲った大地震…。その後、周囲を浸していた「黒い水」が消え去った後に、主人公・スーたちの前に現れたのは、『定礎2059年…』と書かれた礎石がある「未来」と思われる世界。そこは、人間が急速に老化するという現象が起き、人類が滅亡の危機に瀕している荒廃した街だった！！…空白の約50年。自分たちの家族はどうなったのか？スーたちは、「昨日まで住んでいた家」へ向かった。そこに待ち受けていたのは！？…1、2集は発売後即増刷という大反響を得た超常パニックストーリー、更なる驚愕が待ち受ける第3集！！
その日、女子高生・スー（時任好子）の目には、黒い雪が舞っているのが映っていた。同日午後、友人のキリコ、ミキとともに、叔父・正午が住むマンションを訪ねたスーは、そこで大地震に襲われた。地震の最中、スーと正午は、マンションを黒い津波が飲み込むのを目撃した！揺れがおさまった後、スーたちがいるフロアは黒い水に浸され、人々は軟禁状態に…そして、スーたちを衝撃的な出来事が、次から次へと待ち受けていた！全地球震撼の超常SFパニック・ストーリー第1集！！
大地震の後に、マンションを浸していた「黒い水」。建物の外に出ることを試み、その水に飛び込んだ人間は、「これは水じゃない！」という言葉を残し死んでいった。一方で主人公・スーの友人・キリコは、マンションの屋上で数人の子供たちと遭遇。「時間から逃げている…」という彼らの一人は、年齢を問われると「258くらい…」と言う。不可解な出来事の連続する中、「黒い水」は引いていった。そして外に出たスーたちの目の前に現れたのは、『定礎2059年…』と書かれた礎石がある荒廃した街だった！ディープ・インパクト第2集！！
「時間の津波」によって約50年後の世界に飛ばされた主人公・スーたち。そこは、人間が急速に老化するという現象が起き、人類が滅亡の危機に瀕している荒廃した街だった！！「レギオン」と呼ばれる巨大化した昆虫、野放しになった虎やカバらの襲撃から逃れながら、「この世界の人間たち」との交流を深め、ここで生きる覚悟を決めたスーたちだったが、再びあの「時間の津波」が現れた！そして、分かり合えたはずの「この世界の人間たち」に不穏な動きが…！？
「時間の津波」によって主人公・スーたちが飛ばされた約50年後の世界。人間が急速に老化するという現象によって、人類は滅亡の危機に瀕していた！！コウやショーら、一部の「この世界の人間たち」とは友好関係を築けたが、一方で子孫繁栄の子種とすべく女を捕獲、他の連中を殲滅せんとする勢力が蠢いていることに、スーたちは気付いていなかった。そして、獣の皮を被った武装勢力が遂に決起！その時、少年・コウが、この世界で起こった真実を語り始めた…
ある日突然、不可思議な現象により、マンションごと２０６０年の世界へと飛ばされたスー（時任好子）たち。彼女たちの前に再び『時間の波』が現れた。そして、時間の波が過ぎ去った時彼女たちが見たのは、戦国時代の武田軍だった…！！元いた世界へと戻れぬまま、さらに過酷な戦国時代へと飛ばされたスーたち。それぞれの思いを抱えながら、なんとか生き抜こうと奮闘を始めるが・・・！？
突然訪れた『時間の波』により、2060年の未来へと飛ばされてしまったスー（時任好子）たち。荒廃した2060年の世界で生きる人達との交戦中、再び訪れた『時間の波』により、さらに時空を越えることに。時間の波がおさまったのもつかの間、2060年にいた巨大な怪物・レギオンが同じく、時間を飛んで来てしまったことが発覚。銃撃戦になりながらなんとか隔離する。そんな中、時間の波が引き、全員の目の前に新たな時代が現れた！一面に広がる草原の向こうにいたのは、戦いに敗れ、敗走する武田勝頼の軍だった！！戦国時代に飛んでしまい、衝撃を受ける彼らは、息つく暇もなく、今度は武田軍の攻撃を受けることになり・・・！！
『時間の波』の再来により、戦国時代へと飛ばされたスーとマンションの住人たちは、敗走中の武田軍に遭遇！突如荒野に現れた面妖な『城』、マンションに興味と恐怖を抱いた武田軍は、彼らに対し、攻撃を開始した。マンション側は対抗手段として、対馬が2060年の怪物・レギオンを戦国の野に解き放つ。レギオンは武田勢に容赦なく襲いかかり一面に屍の山を築き…！？命と命の奪い合いという過酷な戦場を目にして、衝撃を受けるスーたちの胸に去来するものとは…？戦国で生き抜くため、スーたちの葛藤と戦いは続いていく…！
『時間の波』の再来により、戦国時代へ来てしまったスーたちは、攻撃してきた武田軍をなんとか撃退。武田は部下の真田軍のみを残して撤退した。戦場から戦国の少年をマンションに引き取り、世話をするマンションの住人たち。その一方で孫兵衛は、自分が時間を旅するきっかけになった村へと一人出ていってしまった。スーたちは孫兵衛を救うべく探しに出るが、また真田の攻撃を受けてしまう。さらに、背後には、あの『時間の水』が…！？危機的状況の中、彼らはサバイブすることができるのか！？そして、マンションに引き取った「戦国の少年」が持つ、意外な秘密とは！？
『時間の波』に飲まれ、戦国の世に来てしまったスーたちと、草原にそびえ立つ面妖な石の『城』、すなわちマンションを自分達の物にしたい真田軍。両者の戦いの火蓋がついに切られた！！真田側の総大将は、かつて時間を旅した経験を持つ、真田昌幸の息子、源次郎。一方、マンション側は孫兵衛が戦略を立て応戦。戦うことに迷いがあったスーたちも、生きて元の世界に戻るために戦うことを決意したのだが、開戦から間もなく、突如対馬に異変が！震えだし、倒れる対馬の脳内では、忘れていた過去の記憶が溢れ出す。それは、あまりにも数奇な対馬の人生の記憶だった…
