黒江が語る、学園創設時の日々――母を亡くし、外部からセントクレイオにやってきた黒江。そこにいたのは彼の父、ドクターXと、史良に酷似した若き日の神矢だった。神矢を溺愛し、黒江を忌み嫌うXに嫌悪感を抱きつつ、プロトタイプの偉人クローン達と生活を共にする黒江。さらに新たな転入者・ロクスェルを加えたセントクレイオだが、ある日、全てのプロジェクトを揺るがす事件が発生し…？クローン達が生みだされたその理由が明らかとなる！
幼い頃に出会った前世代のクローン・ナイチンゲールに憎しみを抱き続けている双子の兄弟。母を見殺しにされたその恨みを晴らすため、武器を携え学園へ侵入するものの失敗、二人は離ればなれに。一人残された弟は、世間に姿を現した現在のナイチンゲールの誘拐を企てる。しかしこの一件は、偉人クローン全ての運命を破綻へと導くきっかけであった…。新感覚ファンタジー、クライマックス直前の第11集！
クローン保護法が成立し、窮地に立たされた史良達。ヒトラーへの最後の説得も空しく、セントクレイオ学園に権力の介入を許す事態となる。しかし、部隊を率いて学園内を蹂躙するアインシュタインは、無抵抗の生徒達に銃口を向け…！？はたして、偉人クローン達の運命は…！！？世界の偉人のクローン達をめぐる新感覚ファンタジー、堂々の完結！
