瑠奈は母の遺言どおり、青木ヶ原の樹海へ行く。そこで、数々の難関を切り抜け、緋の聖地の封印を解いた瑠奈は、そのアザの秘密と緋の聖女の使命を知らされる。が、瑠奈が緋の聖女であることが分かり、蒼の一族の襲撃が激しくなる。母に続き、父までも緋と蒼の戦いで死なせてしまい、どん底に落とされる瑠奈。瑠奈が愛している鳴海先生も、緋の人間か蒼の人間か疑わしくなって！？
三日月型のアザや傷がある若い女性が変死する事故が相次いでいた。瑠奈の友達も体にアザがあり、魔術のような吸血鬼のようなもので殺される現場に立ち会ってしまった。それから、蒼の一族の隼生に追われるようになる。そういえば、最近、瑠奈は偏頭痛がひどくなり、生理の血が花の香りがし、植物の再生をよくする力がついていた。蒼の一族季利子が襲ってきたとき、瑠奈の母親は、ガス爆発で死んでしまうが、死に際に樹海へ行って、緋の呪いを解くようにと、なぞの言葉を残す．．．
この世の絶対支配を企む蒼の一族。それを阻み、平穏に暮らそうとする緋の一族。緋の聖女としての使命を知り、瑠奈は仲間の千樹とともに幼なじみの悟を救いに向かった。しかし、蒼の戦略におち、千樹は銃で撃たれ、瑠奈と悟は車ごと滝壺に落とされるが、緋の力で水を逆流させて、一命をとりとめる。また、瑠奈が愛する鳴海先生は、蒼のトップで、その母は緋の人間であることが分かった！？
蒼の生体実験を目撃した瑠奈と千樹は、天才的外科医だった隼生の父の研究の鍵のひとつ、オルゴールを手に入れた。だが、それは一つでは決め手とならず、もう一対のオルゴールがあることが分かった。が、内情を見られた蒼の人間が躍起になって襲ってくる。本当は愛し合っている緋の聖女・瑠奈と蒼のトップ・隼生。その愛情が、最終的には人類を救うことになるのか！？ファンタジー世界の最期は平和に収まるのか！？
