まりあの姉に待望の赤ちゃん・正紀が誕生。だが、その日から、まりあの身には不思議なことが起こる。なんと正紀は“不思議な力”を持って生まれたハイパーベイビーだったのだ！ 正紀の「意識」は、体が眠っている間に少年の姿になって現れ、まりあと香月に、2人でぼくを守ってくれと頼み、3人の過去の関係を視せる。そして現代。正体不明の敵が正紀に忍び寄る。お互いの関係にとまどいながら、3人は事件の渦中へと…！ 世紀末ミラクル、第1巻！
日本の歴史を裏で支えていた鳴神一族の長・鳴神市也の生まれ変わりだった赤ちゃん・正紀。彼から3人の前世での関係を明かされた、まりあと香月。2人は、正体不明の敵から正紀を守ることを決めます。そんな折、赤ちゃんが一瞬だけいなくなる事件が起こっていました。正紀を狙う敵の仕業なのか、心配なまりあ…。そして、3人の前に現れた転校生・牧原桜と、その従兄・水沼響。何故か、まりあを監視しているようで…！？ 世紀末ミラクル、第2巻！
鳴神家の末裔だった牧原桜と水沼響。そして、正紀の敵でもあった。そんな響たちは、まりあの心をあやつることに成功。まりあ、正紀、香月の3人の絆は崩れかけ、ついに敵の手に落ちてしまいます。敵の本部に連れていかれる3人。そこで、いよいよ敵の正体と、対面することになるのですが…！？ 『別冊少女コミック』に好評連載された世紀末ミラクル、第3巻！ 短編の名手でもある、おおや和美が描く不思議マンガ「WELCOME」も同時収録！
ある日、まりあは、泣きながら別れを告げる正紀の夢を見ます。それは、正紀との別れが近づいている予感なのでしょうか。不安が彼女の心によぎります。そして、正紀がふと見せる、さびしげな顔がよけいにまりあを不安にさせます。そんな折、敵のはずの牧原桜がまりあの前に現れ…！？ 『別冊少女コミック』に好評連載された世紀末ミラクル、完結巻！ 『HYPER BABY』番外編の「SCHOOL BOY」、そして「ON A CLOUD」の短編2作品も同時収録。
