萩原大老が密かに企む「石榴計画」の全貌を知ってしまった太郎ちゃん。更紗たちに伝えようとするが、八千代の裏切りによって夜郎組に急襲され、命を落としてしまう。一方、何も知らずに死闘を続ける更紗と朱理は…。
高度な文明が20世紀末に滅びてしまい、日本は王の一族によって支配されるようになっていた。その後、国民は、暴君の圧政に苦しみ続けてきた。そして300年の時が過ぎた。山陽地方の白虎の村に双子の兄妹が生まれた。兄の方はタタラ、そして妹は更紗（さらさ）と名付けられた。兄のタタラは暴君の圧政から人民を救う“運命の子”と予言され、村人だけではなく、王族に反感を持つみんなの希望を託されていた。ところが、赤の王の軍勢に村を襲われて、タタラは殺されてしまう。妹の更紗は、タタラの死を隠すために自らタタラとなり赤の王への復讐のため、立ち上がった。その時から、つらく長い戦いの旅が始まり…。
赤の王に捕えられてしまった村人を助けだそうとした更紗（さらさ）。しかし敵の罠にかかり多くの仲間を失ってしまった。敵のあまりの強大さ、自分の無力さに絶望してしまう。もうだれも死なせたくないと思った更紗は、長老の4本の宝刀を集めよという遺言を頼りに単身、九州・桜島の朱雀（すざく）の村を目指した。そこには4本ある宝刀のひとつ“朱雀の刀”があるという。しかし九州へ渡るための海路はすべて赤の王によって検問がしかれ、船では行けない。そこで更紗は、いまだかつて生きて通り抜けた者がいないという関門トンネルを行くことに。なんとか九州の地にたどり着いた更紗は、偽タタラと出会い…！？
更紗（さらさ）は長老の遺言の通り、朱雀（すざく）の宝刀を求め、九州・桜島に向かった。途中、朱雀一族のハヤトを仲間に加えることができた更紗は宝刀のある朱雀の村を目指す。ところが、ハヤトの母親にもらった地図に描かれている朱雀の村の場所は、朱雀の宝刀ごと海に沈んでしまっていた。呆然としていた2人は、この辺りの海域を根城にする海賊に捕まってしまう。海賊たちによって異国に売られそうになる更紗。しかし海賊と自分の敵が同じだと知った更紗は、なんとか仲間になってもらおうとした。そのために、負けたら異国に売り飛ばされ、勝ったら共に戦うという条件で海賊の頭首・茶々に勝負を挑むが…！？
更紗（さらさ）の仲間・揚羽（アゲハ）が赤の王の右腕といわれる四道（しどう）に捕えられてしまった。そんな時、ついに桜島が噴火し始めた！！その荒々しさ、力強さは更紗たちに勇気を与え、新たな時代の始まりを予感させた。噴火に後押しされるように、更紗たちは一気に攻勢に出た。そして混乱に乗じて、揚羽を助け出すことに成功。そして、後に「桜島の戦い」と呼ばれるこの戦いは、最終決戦の時を迎えようとしていた。一方、赤の王・朱里は、何者かの陰謀により、蘇芳（すおう）の都を狙う兄・蒼の王と対決するはめに…。邪魔な蒼の王を討つために、坊主のフリをして単身関東に潜り込もうとする赤の王だが…！？
更紗（さらさ）が無くした白虎の刀と、まだ見ぬ青龍の刀の情報を持つという蒼の王。朱里は蒼の王を討つために、そして更紗はふたつの宝刀の情報を得るために関東へ向かった。しかし蒼の王の領土に入ったとたん逃亡奴隷と見なされ、2人とも捕えられてしまった。2人は、莫大な賞金が賭けられたレースにムリヤリ参加させられてしまう。それは、だれも生きて戻れないという人間狩りゲームだった。幾多の障害を乗り越えて、なんとか最終ラウンドまで残れたのは更紗たちも含めたったの4人。しかも蒼の王は4人で殺しあって最後に残った1人に名誉と賞金を与えるという。人の命をもてあそぶ蒼の王に、怒りをおさえられず…！？
蒼の王を討つべく関東入りした更紗（さらさ）と朱里。一度は蒼の王を倒したと思った2人。ところが本当の蒼の王は、親衛隊長を務めていた浅葱（あさぎ）だった。真の蒼の王・浅葱をあと一歩で倒せるところまで追いつめた朱里だったが、なぜか揚羽（アゲハ）が浅葱をかばい、彼を逃がしてしまう。更紗は、浅葱が本物の蒼の王とは知らずに他の親衛隊に命を狙われていた彼を助け仲間にする。しかし、それは浅葱の策略だった。彼はタタラを操り、王族同士を争わせて共倒れの状態に追い込む。そしてすべてを破壊し、この日本をキレイにするという企みがあった。そのために更紗たちの仲間になった浅葱は、信頼をえようと…！？
浅葱（あさぎ）を新たに仲間に加えた更紗（さらさ）たち。正体は明かしていないが実は、彼こそが本当の蒼の王だった。浅葱はなんとか更紗と朱里を対決させようと企む。一方、更紗は母が生きているという情報をつかんだ。そして今、母は、赤の王の部下・花山（カザン）に連れられて、熊野に向かっているという。母を助け救い出すために熊野に向かった更紗たち一行。途中、更紗たちは巨大なくじらに銛一本で勇敢に立ち向かう青年・那智（なち）と出会った。そして、那智の案内で熊野の大神殿へ向かう更紗たち。実は那智は、大神殿の大神官の息子だったのだ。さらに、地元の青年団・天狗党のサブリーダーでもあって…！？
更紗（さらさ）たちは、国王の一族が集まる熊野で、赤の王の腹心・花山（カザン）将軍と対決。なんとか倒して、更紗の母・千草を救うことができた。しかし千草は、今、更紗に会うと、彼女の成長をとめてしまい、子供に戻ってしまうかも、と思い更紗には会わずに旅立ってしまう。母親が囚われの身でなくなればそれでいい、と納得した更紗。それよりも、自分の感情を優先したせいで、茶々と座木に先の戦いで大怪我をさせてしまったことに責任を感じていた。また更紗も眼を負傷してしまう。聖（ひじり）と那智（なち）は大神官の父を動かし、熊野は独立の道を歩むことに…。一方、赤の王・朱里は部下の反乱にあい！？
蒼の王にそそのかされた、部下の亜相（あしょう）の裏切りにあい、すべてを失ってしまった朱里。追われるように逃げ込んだ船は医者の芭蕉の船で、朱里は一緒に沖縄に渡ることになった。一方、熊野で眼を負傷した更紗（さらさ）は眼を治してもらうために芭蕉のいる沖縄へ向かう。しかし、嵐で船が難破して海へ投げ出されてしまう。1人岸へと流れついた更紗。運良く芭蕉の知り合い・今帰仁（なきじん）に助けてもらい、芭蕉に無事、治療してもらう。今帰仁の所に彼の兄・運天が訪ねてきた。嵐の晩に彼の秘書が安里（あさと）大統領のところへ行ったきり行方不明になったというのだ。そして秘書の死体が発見され！？
沖縄で再会することができた更紗（さらさ）と朱里は、安里（あさと）と運天の政権争いに巻き込まれてしまう。更紗たちは、日本との和平を望む安里大統領側につき彼を助ける。しかし運天の刺客に追いつめられ大統領共々、鍾乳洞へ逃げ込んだ。ナギたちの助けを得てなんとか刺客を倒すことができた更紗。意識を取り戻した大統領は更紗を呼んで、運天との誓いを語り始めた。自分は日本と和解をめざす。運天はそれが叶わない時に、日本と通じて最小限の被害で沖縄を明け渡す。決して沖縄を灰にはしない、そのためにはどちらかが残ればいいと。一方、海上では、元赤の王の艦隊が沖縄に迫る。対する朱里は一計を案じ…。
