原子炉を載せた巨大トラックを奪い逃走する悟たちだったが、波戸が爆弾を解体する間、カザロフ部隊と一人で戦っていたオウルがついに倒されてしまう。さらに波戸も、カザロフとの戦いを強いられることに。一方、キマイラを止めるためバイクにまたがった悟は百舌鳥との戦いに挑むが、弱点をつかれ追い詰められて…
都内の銀行で連続強盗事件が発生。警察の懸命な捜査にもかかわらず、犯人の足取りはつかめない。そこで斑鳩悟に捜査の依頼が来た。普段の悟は平凡な高校生。だが彼は同時に、国際的人材派遣会社・ASEのメンバーでもあるのだ。ASE（AlmightySupportEnterprise）は、特殊な依頼にも対応すべく、世界中からあらゆる分野のスペシャリストを集めた組織。その仕事ぶりは迅速にして完璧で、高額料金にも拘わらず、信頼度の高さから依頼は引きも切らない。その登録メンバーになれるのは、選びぬかれた特殊能力者のみだ。悟が持っているのは、どんな乗物でも乗りこなす驚異のドライビングテクニックだった。今回の事件の犯人グループは、都内の地下に複雑に張りめぐらされた下水道を逃走ルートに使っていた。悟はジェットスキーを使って、下水道を疾走。犯人たちとバトルを繰り広げる！
木村ボンバーズは、兄弟3人の連続爆弾魔。そのうちの一人で、逮捕されていた次郎が、現場検証の最中に、兄・太郎、弟・三郎の助けを借りて逃げ出した。三人はJR常磐線の特急・スーパーひたちを乗っ取り、運転手と客を人質に取って逃げようとする。時速130kmで突っ走る列車をなんとか停止させてほしいとの依頼を受けたASEは、たまたま近くにいた斑鳩を現場へ送る。乗客を降ろした103系快速電車に乗り込み、スーパーひたちを猛追する斑鳩の狙いとは…！？
倒産寸前の建築会社の社長夫人が誘拐された！しかし身代金が用意できない社長は、ASEに人質の奪還を依頼。悟は、とにかく人質を連れて逃げきってくれればOKと言われ、引き渡しの場所に向かう。ところが、現場に行ってみると、この誘拐が偽装だった事が発覚。さらに仲間割れが起こり、誘拐犯グループが大型の建築機械を操り、悟と依頼者に襲いかかってきた！！依頼者と人質を守る為に、悟は旧式の鉄球クレーンに乗り込み、必死の抵抗を試みるが…！？
湾岸地域に新しくできた釣り橋“メガブリッジ”の完成式典の最中、警備員に扮した集団によって橋の両端が爆破された！橋はケーブルに吊るされて何とか落ちずにいるが、その4本のケーブルにも無線式の強力な爆弾が仕掛けられている。犯人グループは、橋の上に残された人々を人質に50億ドルもの身代金を要求してきた！！アメリカ帰りの波戸と共にこの事件にあたることになった悟は、小型のヘリコプター“ジャイロ”を自ら組み上げ、爆弾が仕掛けられた橋の支柱に向け飛び立つのであった…
化学開発会社「米山ファインケミカル」のビルが何者かに爆破された！この会社は電波を吸収する塗料の開発に成功しており、そのデータがテロリストに狙われたのだ。今回、悟が受けた依頼は、かろうじて全壊を免れたビルの37階コンピュータールームから、塗料のデータが入ったハードディスクを回収してくるというものだった。ビルの爆破解体まで残り2時間。トライアルバイクで瓦礫の中を駆け上がる悟だが…！？
高級車窃盗密輸事件の重要参考人であるジャーナリストの身柄を、窃盗団に悟られずに移送する任務を受けた悟。初音が整備した水陸両用のホバークラフトに乗り、神田川を遡って調布に向かうという奇抜なルートが設定された。だが、その経路を見破ったキマイラは小学組組長に情報を横流しし、小学組のヒットマンが悟の命を狙って動き出す！
波戸が横須賀米軍基地にいた頃の恩師・マダックス少尉が、身代金目的で拉致された。犯人も元・米軍人らしく、公になることを恐れた米軍はASEに救出を依頼する。だが、敵アジトが東京の地下鉄近辺の地下道内にあるため、終電から始発までの約4時間で任務を果たさねばならない。限られた時間の中、悟の操る小型軽量バギーが大都会の地下迷路を爆走する！！
中東・アデル国のオアシスにある古代都市「バルア遺跡」の発掘作業中、大規模な地震が発生。遺跡の一部が崩壊するが、その一方、これまで知られていなかった巨大地下墳墓が現れる幸運にも見舞われる。だが、そこの発掘をしようにも、地震の影響でいつ倒壊してもおかしくない状態。日本の考古学チームの依頼で現場に呼ばれた悟は、「援竜」という建設機械を使って遺跡を崩壊させずに発掘することに…
元ナチスの高官が死亡し、その遺産がオークションにかけられることになった。そのオークション前日に開かれるASE主催のパーティーに出席した悟だが、その会場を突如“十字架戦線”と名乗る武装集団が襲撃してきた。彼らの目的はオークションの目玉商品で、ヒトラーが描いた未発表絵画なのだが、その絵画に隠された謎とは…
学校でASEドライバーの正体を隠している悟が、友人の誘いで自動二輪免許の体験教習を受けることに。百舌鳥から「バレたらクビ」との厳命を受け、必死にドジを演出していたのだが、そこになんと銀行強盗犯が乱入してきた！しかも教習車を奪った犯人は、悟の友人を人質にとって逃走してしまい…
