木村ボンバーズは、兄弟3人の連続爆弾魔。そのうちの一人で、逮捕されていた次郎が、現場検証の最中に、兄・太郎、弟・三郎の助けを借りて逃げ出した。三人はJR常磐線の特急・スーパーひたちを乗っ取り、運転手と客を人質に取って逃げようとする。時速130kmで突っ走る列車をなんとか停止させてほしいとの依頼を受けたASEは、たまたま近くにいた斑鳩を現場へ送る。乗客を降ろした103系快速電車に乗り込み、スーパーひたちを猛追する斑鳩の狙いとは…！？
高3に進級しても、相変わらず学校では居眠りばかりの悟。そこに初音が現れ、今回の任務先・イギリスへと連れ出される。百舌鳥の古い知人の依頼で、有名なバイクの祭典“マン島TTレース”にサイドカーのカテゴリーから参戦することになった悟だが、そこにはかつて悟と敵対した“砂漠のジャッカル”ロコも休暇で訪れていて…
ASEの精神的支柱ともいえる百舌鳥が、突然何の連絡もなく退職した。その報告を聞いた悟やASE日本支部の面々は、一様に動揺を見せる。そんな中、ASEの実力に対抗できる組織を作ろうとするキマイラが、カザロフ部隊やマルチドライバーに迎えたロコを使って暗躍を始めた。しかもキマイラの元には、なぜか百舌鳥が仲間に加わっていて…
水質サンプルを運搬する任務で、悟は烏丸と共にインドのスンダーバンズ国立公園へ。そこで烏丸の恩師・ベル教授から、厳重に電子ロックされたコンテナを託され、悪路をトラックで進み始める。だが程なく悟は、ハンドルやシートから伝わる振動から、荷物がコンテナ内で動き回っているのを感知。その晩、不審に思ったふたりがコンテナを開けると、そこにはなぜか絶滅危惧種の動物・ベンガルタイガーが…
百舌鳥を仲間に引き入れたキマイラが、ついにASEを崩すための作戦を開始した。全世界のASEメンバーを標的にした妨害工作が相次ぐ中、ついに亜取やオウルまでもが敵の手に…。一方、悟は波戸と組み、アメリカで依頼任務を遂行していたが、実はこの任務もキマイラの巧妙な罠。悟がガレージで待機する中、波戸の前にはキマイラの配下・カザロフ少佐が立ちはだかり…
原子炉を載せた巨大トラックを奪い逃走する悟たちだったが、波戸が爆弾を解体する間、カザロフ部隊と一人で戦っていたオウルがついに倒されてしまう。さらに波戸も、カザロフとの戦いを強いられることに。一方、キマイラを止めるためバイクにまたがった悟は百舌鳥との戦いに挑むが、弱点をつかれ追い詰められて…
