直角と照正は、無事二年生に進級し、新学期をむかえた。最上級生になった郷は、明倫館に生徒会をつくり、生徒会長を選挙で決定しようと提案する。郷の推薦を受けた直角、打倒・直角を目指す照正、一年生の大山大介の三人が立候補する。
長州藩、下級武士の家に生まれた石垣直角（いしがきちょっかく）。直角は父の教えどおり「武士はつねに戦場の心でいるべし」ということを忠実に守ろうとしている。藩の名門校・萩明倫館（はぎめいりんかん）に入学以来、騒動ばかり起こしていて…。直角が曲がりくねった世の中を、直角斬りで一刀両断！！
独自の「直角斬り」で乱暴者の月形を破り、人気者になった直角。先輩・郷から、転校生・瞳凛太郎に「学校つぶし」のうわさがあることをきいた直角は…。そして、城代家老は、直角の大きな力で学園の危機を救おうと考え、直角を城内に閉じ込めた。
大門学園で開かれた武芸大会に、直角と郷は明倫館代表としてのりこんだ。直角は「直角斬り」で、あっという間に十数人を打ち破る。とうとう相手は、大門学園主将・斎門ただ一人だけになった。しかし、斎門の一撃が直角の胴に…。
長崎帰りの北条照正は、身分の低い直角に人気が集中するのが気に入らない。照正の許婚者（？）・貴杉じゅんは直角の興味を示しはじめ、直角に会いたい一心で、女だけの集まりである指月（しづき）剣道部を率いて直角たちに挑戦してきた。
直角は勉強重点の明倫館に、「真の武士道精神を！」と大ハッスルの毎日。そして、直角に好意を持つ名門家の娘・じゅんの提案で、剣道部全員がお金を出しあい、自分たちの道場をつくることになった。しかし、直角ひとりだけお金がなくて…。
石垣直角は、明倫館の名物男。一報、北条照正は、直角の人気に負けじと、あの手この手で悪戦苦闘。そんな照正を案ずる城代は、直角に、照正と、友だちになるよう、たのみこむ。城代の期待にこたえるべく、直角は照正への大接近をはじめた。そしてついに、照正を、石垣家に招待すること成功。が、はじめて暖かい家庭の雰囲気にふれた照正は、大ショック。さびしそうな照正を見て、直角は真の友達になろうと、心に誓う。
照正は、直角、郷、拓馬の三人をご学友に選び、寝食を共にさせる。ご学友の地位を独り占めしようとする拓馬は、あくどいたくらみで直角を陥れようとする。だが、直角の大活躍で拓馬のたくらみは破れ、照正との間に友情が芽生えはじめる。
直角と照正の二人は、上級生となるための進級試験を目前に控えていた。成績のよくない直角と照正を案じた郷は、二人に対し徹夜の猛勉強を開始する。しかし、試験当日の朝、直角と照正は後輩たちにだまされ、決闘に出かけてしまう。
直角対照正の選挙戦の結果は、直角が見事生徒会長に当選した。おかげでやっと仲良くなった二人の間は逆戻り。直角は他藩との親善を深めようと、隣藩の城西校と純心良妻女学校にでかけた。しかし、城西では石山剣道部長や部員たちと大乱闘になってしまい…。
