「世界平和のために武器を売る」武器商人ココ・ヘクマティアルが少年兵ヨナに初めて出会ったときに、彼にそう告げた。そのセリフの意味をヨナが知ったとき、過酷な展開が2人に訪れる！！天田南博士と極秘裏に進めていた「ヨルムンガンド」計画発動のため、必要なピースを集めるべく、世界中を旅するココ。一方、ココの動きを察知したCIA工作担当官ブックマンは、彼女の行動からその企みを推測する。そこから見えてきたものは、にわかには信じがたいほど衝撃的な計画の姿であった……。
両親を殺した武器を憎みながらも、武器商人ココの私設軍隊に加わることとなった少年ヨナ。ココはある国の軍と武器の取引をしていたが、それを防ごうとする勢力に狙われる。しかし、ココに同行していたヨナが、自らが憎むその武器でそのピンチを乗り切ろうと応戦して…
両親を殺した武器を憎みながらも、武器商人ココの私設軍隊に加わることになった少年ヨナ。中東ドバイに滞在していたヨナたちが、つかの間の休暇を楽しんでいたとき、ココの命を狙う殺し屋「オーケストラ」を名乗る2人組が突然襲撃をしかけてきた！油断していたココに殺し屋の銃弾が飛ぶ…！！
ココの兄・キャスパーに刃を向けたヨナ。彼らの最初の出会いは3か月前、ヨナが少年兵として参加した紛争だった。キャスパーの部下で武器商人のガスードは、彼自身と商品を守るために地雷原でヨナの仲間を犠牲にした。そのことが許せないヨナは、武器を手に敵討ちを始める…！！
幻の蝶を求めて雪山入りした日本人科学者・天田南。ロボット技術の権威である彼女は、自身の研究が武器に転用されることを憂いていたが、武器商人の中でもココに対しては特別な思い入れがあるようだった。彼女をめぐり、ココと中国人武器商人・陳が一見穏やかな腹の探り合いをする一方、山中では互いの部隊が激しい戦闘を繰り広げていた。陳の部隊を率いるカレンに仇の面影を見たバルメが一騎打ちをしかける中、ヨナは敵の部隊の弱点に気付き…
ココ率いる私兵部隊と共に旅をする少年兵ヨナ。無人島での休暇を満喫したその夜、部隊の一員であるマオは、ヨナに自分の身の上話を聞かせてあげることに。部隊で唯一家族持ちのマオは、所属していた軍隊をクビになり、路頭に迷っているところをココに傭われたという。当時、武器商人の私兵になったことを、子供たちに隠していることを気に病んでいたマオだが、そんな彼にココがかけた言葉は…
バルメが無断で部隊を去り、いつかこんな日が来ると予期してはいたものの、動揺し苛立つココ。ココとバルメ、ふたりの出会いは、バルメが国連軍“ソフィア・ヴェルマー”少佐であった頃、派遣先のアフリカD国で襲撃により部隊を全滅させられ、傷心の彼女をココが自分の部隊に誘ったときだった。そしてバルメが今回、ココと別れD国へやってきたのも、当時の事件が彼女の中で尾を引いていたからなのだが、ヨナもついてきてしまい…
ココの部隊のアールは、CIAの工作担当官ジョージ・ブラックとつながっていた。一方、先日ココの部隊を襲撃した殺し屋もCIAが差し向けた連中だった。だがブラックらがココに対して進めている作戦“オペレーション・アンダーシャフト”には、ココを消す計画はないはず。では誰がココたちを狙ったのか？それはCIAの中でもやっかいな、準軍事工作担当官のヘックスという女で…！？
武器商人ココ。世界は変わる。彼女が変える。少年兵ヨナは、家族を殺した“武器”を果てしなく憎んでいた。だが運命のいたずらか、戦場でしか生きられないヨナが辿り着いたのは武器商人ココ率いる私兵部隊だった。ヨナは、ココたちと共に旅を続ける……。私兵部隊にいたアール死後、傷心癒える間もなくココは兄キャスパーに呼び出され、日本へやってくる。今度の敵は防衛省の秘密部隊SR班、かつてトージョが所属していた部隊だった。長年秘匿されたSR班は、インドネシアで起きたキャスパーとの衝突をきっかけに武力行使を指向する危険な存在になっていた…。
元少年兵ヨナは、家族を殺した“武器“を果てしなく憎んでいた。だが神のいたずらかヨナが辿り着いたの武器商人ココ率いる私兵部隊だった。ココとの旅路は中東へ。そこは私兵部隊のリーダー・レームと隊員ワイリが出会った土地でもあった…。そして、ココの真の目的がついに発覚！！「ヨルムンガンド」計画とは！？
