謎の科学者ジーン・ジョンソン。彼の本当の目的は、流水と手を組み世の中をあやつることにあった！！ジーンの研究の成果に期待をかける流風は、姿を消したジーンと流水を探し求めた。一方、ジーンと流水は、とてつもない悪事をたくらんでいた。
流風と流水は一卵性の双子。同じ男性に恋をするが、選ばれたのは流風のほうだった。そんな時、陸上部のハイキングで、古墳のガスを吸った部員が全員死亡するという事件が起こる。奇跡的に助かった二人だが、それ以来流水の行動がおかしくなり…！！長編ルナティック・ミステリー！！
流水の異常な行動は、古代の細菌に感染したためだと指摘する当麻。しかし、流水は流風に対する攻撃の手をゆるめず、石倉主将に菌を移し、流風を襲わせた！！でも、当麻に邪魔をされ、またも失敗。とうとう姉にまで手を出した流水は…！！
流水の恐ろしい攻撃をかわし、流風と当麻は初めてのキス…。なぜか、当麻には菌が移らず、安心した流風。しかし、流水は陸上部員に次々と菌を移し、二人を孤立させた！！そして、ついに流水につかまった当麻は、菌を移され…！？
流風と流水がついに対決！？空中に浮かぶ、そっくりなふたつの人影が、今ぶつかりあう。止めに入った克之の胸に流水の手がのびた…。流水は言う「克之さんの気持ちが変わらないなら、克之さんをだれにも渡さないために殺すしかない！！」
城惺学園を救うため、学園に乗り込んだ克之だったが、ジーンに捕らえられてしまった。ジーンは、克之を閉じこめた体育館を事故に見せかけて爆破した！！流水と流風はジーンの隠れ家に閉じこめられていて、流水は自分の思い通りにならないジーンを窓からつき落とすが！？
流風の救出に失敗した克之は、ジーンの正体を調べるため英国大使館に行く。一方、流風はジーンの命をねらうが、なかなか果たせない。しかし、その間にもジーンは、自分の目的のため殺人をかさねてゆく…。自分を殺そうとする流風に、ジーンが話した彼の正体とは…！？
流水に撃たれ傷ついた流風。流風が収容された病院にも追手が迫る。からくも脱出した流風と克之だが、ジーンに支配された病院によって、ふたりは伝染病患者としてテレビで公開手配されてしまった。克之はジーンの眼に弱点があるのではないかと感じているのだが…！？
ジーンを倒すために手を組んだ流水と流風。ジーンの基地である豪華客船上で、双子対ジーンの壮絶な戦いが始まった。流水と流風は絶妙なコンビネーションを見せるが、ジーンの能力は双子以上だった。そしてついに、流水はジーンの手にかかって…！！
処方せんのひとつを持つ真琴は、ジーンによって自分だけでなく他人も物体に埋めこむ能力を与えられていた。流風と流水は、なんとかして処方せんを手に入れようと考えをめぐらせる。死の意味さえわからずに殺人を重ねる真琴は、流風の命までもうばおうとするが！？
