黒い悪魔・グリフォンと、黒幕・内海を引きずりだすため、情報作戦を開始した第2小隊・後藤隊長。だが、いったい、シャフト社・企画7課課長・内海の真の狙いはなにか…そしてまた、内海の隠された素顔とは！？
国家規模の土地開発計画「バビロンプロジェクト」を背景に、巨大ロボット・レイバーが活躍する近未来の東京。レイバーによる犯罪が続発し、警視庁はそれに対抗するべく、警視庁特車部隊、通称「パトレイバー」を創設！パイロット・泉野明（いずみのあ）は愛機イングラムと共に、戦い、成長していく！！
特車隊“イングラム”対軍事用レイバー・タイプ7“ブロッケン”！！なんでこんなごついレイバーが日本に…なんて問題はあとまわし。とにかく戦わなければいけない第2小隊！！こいつは手強い相手になりそうだ…！？
知らず知らずのうちに、悪漢・内海と出会った野明と遊馬。さらに、天才少年・バドが現れ、ますます進むシャフトの悪だくみ。そして、最後のブロッケンが今、港湾地区に出現した。特車2課、緊急出動！！
タイプJ9“グリフォン”参上！！ついに出たシャフトの秘密兵器。その圧倒的パワーが、今、特車2課に迫る。狙いはもちろん、98式AV“イングラム”！！勝てるか野明！？今度の相手は、ちょっとばかり手強いぞ…！！
イングラムVS．ブロッケン、最強のレイバーが、今、東京港で激突！！そして、なぜかS・S・S（シャフトセキュリティシステム）のキュマイラも乱入してきて、事態は大混乱。期待を一身に背負った野明…やらなきゃやられる、決死の覚悟で攻撃開始！！
湾岸地帯で最強レイバー2機が激突！！イングラムとグリフォン…野明とバド、レイバー犯罪史上、類をみない死闘が、ついに決着！！力の限りをつくした野明、そしてまたしても空へ去ったバド…勝ったのはどっち！？
野明とイングラムの奮闘で、東京湾に沈んだ強力レイバー・グリフォン。その同じ場所に墜落した米国輸送機。この事故が忌まわしい事件の幕開けだった。海底に潜む異常な“何か”に対し、いま特車2課が出動！！
東京湾に、人を食う怪物が潜んでいる。ついに世間に漏れた怪物“13号”の存在。そして今、目前に迫る怪物の上陸に対し、特車2課に出動命令がくだされた。なぜなら、彼らこそ唯一の目撃者であり、最強の部隊だった！！
“目標、依然トシテ動キナシ…”第2小隊の必死の攻撃をかわし、東京港内の海底に身を潜めた怪生物“13号”。長すぎるにらみ合い、疲労を深める第2小隊。その静寂を破り、今度は黒い影・グリフォンが動き出した！！
人々を恐怖のどん底に陥れた“13号”は、野明の一撃を受け海中へ消え去った。不眠不休の連続でくたくたになった特車2課。そしてむかえた久しぶりの休日。働きづめの7人の隊員がみせた、素顔の青春とは…！？
