野明とイングラムの奮闘で、東京湾に沈んだ強力レイバー・グリフォン。その同じ場所に墜落した米国輸送機。この事故が忌まわしい事件の幕開けだった。海底に潜む異常な“何か”に対し、いま特車2課が出動！！
テレビで大人気の刑事ドラマに、レイバーが登場。その撮影の安全警備に駆り出された、本職の第2小隊。間近でスターに会える、とややウカレ気味の野明たち。だが過失か罠か。特車隊の目の前で、本当の“事件”が！？
“人の世に争いがある限り、私たちはがんばります”とのりにのっている野明と特車2課第2小隊の面々。だが、イングラムを上回る“あいつ”が帰ってくる…黒いレイバー・グリフォンと黒幕・内海の影がいま再び！？
正義の象徴であるはずのイングラムに、不正入札の疑惑が！？しかもイングラムは、特車2課隊員・篠原遊馬の父の会社、篠原重工製。この記事のため、特車2課の絆に微妙な影が。どうする遊馬、そして相棒の野明は！？
イングラムの不正入札疑惑に揺れる篠原重工に、拳銃を手にした暴漢が乱入。そのスキをつくかのように、闇を裂き霧の中から姿を現した黒い悪魔・グリフォン。いま特車2課第2小隊は、フル装備の甲一種勤務に！！
万全の甲一種態勢もむなしく、またしても宿敵・グリフォンを取り逃がした特車2課。それぞれが同じ痛みを感じながら、どうしてもわだかまりが…。遊馬に野明、そして太田よ、いまこそ第2小隊の、あの明るさを！
黒い悪魔・グリフォンと、黒幕・内海を引きずりだすため、情報作戦を開始した第2小隊・後藤隊長。だが、いったい、シャフト社・企画7課課長・内海の真の狙いはなにか…そしてまた、内海の隠された素顔とは！？
古巣・シャフト社との前面対決を決意した黒幕・内海。その内海の過去をしる唯一の人物・おタケさんこと熊耳巡査部長。いったい彼女と内海の間に、なにがあったのか…いまここに驚くべき新事実があきらかに…！？
組織「パレット」のカギを握る内海と少年・バド。その手がかりをもとめ、懸命に動き回る野明。そして、野明を案じる遊馬。醜く歪んだ悪の世界に対し、若者たちが戦いを挑む。それぞれの道を信じて！！
捜し出し救いたいと、あれほどまでに願ったバドが、いま野明の目の前に…。そして、内海が思いついたバド“回収”の卑劣な手段。時を超え場所を変え、かつて愛し合った内海＝リチャード王（ウォン）と熊耳が、いまここに！！
特車2課に保護された、グリフォンの搭乗者・バド。辞職願いを置き、内海＝リチャード・王に会いに行った熊耳。揺れに揺れ動く野明と後藤隊長の胸中…。そして今、迫りくる台風の中、ついに内海が動き出す！！
