国家規模の土地開発計画「バビロンプロジェクト」を背景に、巨大ロボット・レイバーが活躍する近未来の東京。レイバーによる犯罪が続発し、警視庁はそれに対抗するべく、警視庁特車部隊、通称「パトレイバー」を創設！パイロット・泉野明（いずみのあ）は愛機イングラムと共に、戦い、成長していく！！
降りしきる雨の中、バド奪回のため特車2課棟を制圧した内海。孤立無援の状況の下、唯一の望みは外出中の野明と遊馬だけ。そして今、二人は篠原重工の新兵器・AVR－0に乗り込み、捨て身の反撃にでた！
野明が放った怒りの一撃。イングラムの前に、宿敵・グリフォンは倒れた。だが、黒幕・内海と、人質にとられた熊耳の運命は…。感動のエピローグへ向かい、いま再び特車2課が出動する。
