裏会から、査察のため烏森にやってきた奧久尼と遭遇した良守と時音。事情を知らない良守たちは困惑するが、いつの間にか背後に謎の黒い箱が置かれていて、さらに困惑を深める。そこに正守の代理で刃鳥美希が駆けつけてくるが、彼女は箱を見るなり、良守に「それを捨てて離れて」と警鐘を鳴らす。
その昔、霊感の強い烏森家の殿様が妖しげなものを呼びよせてしまったために、それを退治する結界師が生まれた。かつての城跡に建つ私立・烏森学園を舞台に、400年後の現在も跋扈（ばっこ）し続ける妖怪に立ち向かう墨村家と雪村家の若き後継者、良守と時音の活躍を描く妖結界バトルストーリー！！
異能者を束ねる集団＝裏会からの紹介状を持った娘・春日夜未が、雪村家に逗留することになった。烏森の地の実地調査に来たという彼女は、時音が幼い頃に亡くなった父・時雄の世話になったことがあるらしく、初対面の時音にも気さくに話しかけてくる。だが、時音はその話を聞くうちに…。
強い妖から身を守るため、良守は巨大な岩を使って結界の強度を上げる訓練中。そんなある日、無数の氷の破片を飛ばす妖・氷渡（ひわたり）が現れた！修行の成果を試すチャンスと意気込む良守だが、氷渡の放った特大の一発は、良守の結界を貫通するほどの威力だった…！！
いつもより手強い妖に苦戦していた良守と時音の前に現れた男・墨村正守。そいつは良守が苦手な兄であり、強力な結界術の使い手で、妖をいともたやすくやっつける！正守がやってきた真意とは…？烏森に忍び寄る怪しい影の正体は…。
高等部の敷地内で、弁当のおかずが次々と消える事件が勃発！犯人の妖を見かけた時音は追跡を始め、その途中で良守の同級生・ユリと出会う。さっきまで妖がいたという場所にユリが案内すると、その地点だけもっさりと苔が生えていた。そのころ良守は昼寝のため屋上に登っていたが…。
合体して強烈な攻撃を繰り出す3つ子の白羽児を封じた良守と時音。しかし、この戦闘を密かに観察する男がいた。時音の放った式神に不意をつかれた男は、思わず邪気を漏らしてしまい、それを感じ取った良守の追跡を受けることに。異様に長く伸びる手で遠くをつかんで逃げる男を良守は…。
ある日、良守のクラスで教える黒須先生の肩に、黒猫の霊が取り憑いていた。なんとか成仏させようと考えた良守が原因を調べたところ、以前校庭によく来ていた黒猫を先生が「ノワール」と名付けて可愛がっていたことが判明する。この時まで黒猫が死んだことを知らなかった先生だが…。
「黒芒楼」の5人の刺客たちによって、呪力封じの方陣に囲まれた良守と時音。結界が使えず、手も足も出ない2人だったが、良守の提案で方陣からの脱出に成功！！すると、それまで人間の姿をしていた5人の刺客たちが、ついにその正体を露わにして…。
「黒芒楼」では白を中心に幹部6人が集まり、烏森の力を手に入れる方法を議論していた。一方その頃、良守は学校を休んだ志々尾のために、2人分の弁当と自作のチョコレートケーキを持って、彼の家を訪ねることに。和気あいあい（？）と食事する2人だったが…。
学校の屋上で、ひとり寝そべって物思いにふける限。火黒から渡された、持ち主の姿を真似る使い魔が育つという卵を眺めながら、妖混じりの自身が人間側なのか、それとも妖側なのか迷いを感じていた。そこに現れた良守から、唐突に「好きな子いないの？」と聞かれても浮かない顔で…。
