舞台を、すべての発端である空守村に移し、アクション＆ドラマチックな展開がヒートアップ！伝説の四つ足案山子“天照素（アマテラス）”は桐生を取り込み暴走、空守村を蹂躙！詩緒は、双子の弟・桐生を救出すべく、修理が終わった玖吼理（ククリ）と共に出撃するが…。一方、その混乱の最中、匡平は村に隠された醜聞を知ることに…。愛らしさを残しつつ、決意を固める詩緒と、村との因縁に決着を付けようと動く匡平の行動に注目！！さらに新たな案山子も多数登場して、戦闘シーンの緊迫感もスケールアップ！
故郷の村を後にして、東京で平穏な大学生活を送る匡平は、想いを寄せていた日々乃に告白しようとしていた。だがその日、彼女と2人きりになったところで惨殺された遺体を見つけてしまう。さらに帰宅途中、正体不明のモノに襲われた匡平のもとに、故郷から案山子と呼ばれる奇妙な人形を操る、妹の詩緒が訪ねてきて…
一触即発の匡平と阿幾のもとへ突如現れた新たな隻・勾司朗。阿幾を追ってきた彼は、匡平の静止を振り切って追跡を続け、発見するなり案山子で襲撃を開始する。そして、枸雅家と対立する日向家には阿幾を歓迎する意志があることを伝えるのだが、そういった村の仕組みや案山子に対する考え方の相違から、ますます険悪な雰囲気になり…。一方、詩緒にも隻らしき者が近づいていたが、その気配に懐かしさを感じると共に胸騒ぎがしていた。
自分と同じ顔をした謎の隻の襲撃を辛くも退けた詩緒。しかし、その戦いで玖吼理の腕は砕かれてしまい、責任を感じた詩緒はひどく落ち込んでいた。玖吼理の修理のため、そして謎の隻の正体を明らかにするため、匡平は詩緒と共に空守村に帰ることに。一度は故郷を捨てたはずの自分が、今なお騒動に巻き込まれることに苛立ちを隠せない匡平だが、日々乃が一緒に空守村に行くと言い出して…
日向の案山子・武未禍槌との戦闘で破損した玖吼理。その修理のため故郷・空守村に戻った匡平たちは、そこで武未禍槌の隻が、詩緒の双子の弟・桐生だと知る。玖吼理の修理の仕上げも兼ねた訓練の合間に、詩緒はどうすれば桐生に対して姉らしくできるのか、靄子と日々乃に相談する。靄子は“ナメられないよう強気で”と言い張るが、日々乃は“余裕を見せて笑いかけてみては”と勧める。しかし、うまく笑顔が作れない詩緒は…
空守村から東京に逃亡してきた阿幾は、枸雅でも日向でもない、村の第三勢力である代議士・平城からスカウトされる。だが、平城の思うように動くつもりもない阿幾は…。一方、その阿幾を追って、日向の勾司朗と桐生が再び上京。そして、彼らに同行している器師の靄子が突然、詩緒たちのもとを訪ねてくる。
空守村をめぐって複雑に思惑が交錯する中、匡平たちの前に現れた新たな隻・まひる。彼女と匡平・阿幾との間の因縁は、8年前の空守村に遡る。少年時代の匡平と阿幾は山中で、まだ隻になりたてのまひると遭遇。ケンカ腰な彼女と阿幾は一触即発になるが、その時、匡平が怪しげな祠を発見する。一時休戦した彼らが祠の中に入ってみると、奥には見たことも聞いたこともない案山子が…！？
ますます加速する、案山子バトル！故郷を後にし、東京で暮らす匡平。しかし、案山子（カカシ）という人形を操る、隻（せき）である妹の詩緒、同郷の阿幾という青年が現れた日から、彼の平穏は終わる。さらに匡平に想いを寄せる黒衣の隻・まひるが現れ、事態は一層複雑化！匡平に惚れているまひるが、阿幾にそそのかされて、さらなる暴走を開始。なんと日々乃を誘拐してしまう。救出劇の最中の久羽子の銃撃、案山子同士の激烈肉弾戦！？もあって、混迷を極めていく、隻たちの物語。
大学進学を機に故郷を後にし、東京で暮らす匡平。しかし、案山子（カカシ）という神の人形を操る、隻（せき）である妹の詩緒、同郷の阿幾という青年が現れた日から、彼の平穏は終わる。そんな中、匡平に想いを寄せる黒衣の隻・まひるが現れ、事態は一層複雑化、詩緒VSまひるの案山子バトルに発展！！詩緒は辛くも勝利を収めるが、詩緒の案山子・玖吼理（ククリ）が動かなくなり、彼女はパニック寸前に！！阿幾は匡平に故郷の村への戦いの継続を宣言、そして、今まで謎に包まれていたあの隻が現れた！！
桐生を取り込んだ天照素が暴走、空守村を蹂躙して姿を消した！その捜索に導入される村の案山子。詩緒は、桐生を救出するために出撃するが、苦戦を強いられることに。一方、天照素殲滅を阻止するため、奔走する匡平！そして、ある決断を下すが…。
